La comisión estaba presidida por John G. Walker, quien había presidido una comisión anterior también designada por el Congreso, llamada "Comisión del Canal de Nicaragua", que aún no había emitido su informe final cuando se creó la segunda comisión. Dicha comisión anterior publicó finalmente su informe a mediados de 1899 y, fiel a su nombre, recomendó Nicaragua como ubicación para la construcción del canal.[1]
La comisión emitió su informe el 16 de noviembre de 1901, recomendando nuevamente Nicaragua y descartando Panamá porque «La Compagnie Nouvelle du Canal de Panama» —la compañía bajo la cual se organizaron los intereses franceses— solicitaba más de 109 millones de dólares por todos sus activos, lo que Walker consideró excesivo.[1][2] Tras nuevas gestiones por parte de Cromwell y también de Philippe Bunau-Varilla, la compañía redujo el precio a 40 millones de dólares el 4 de enero de 1902. La Comisión se reunió de inmediato a instancias de Theodore Roosevelt para reconsiderar la cuestión, tras lo cual se declaró a Panamá como la ruta preferida.[1]
Este cambio de enfoque fue un triunfo para el lobista William Nelson Cromwell, quien fue contratado por intereses franceses que deseaban deshacerse de los activos de la fallida empresa de Ferdinand de Lesseps.[1]
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