Tras la llegada al poder del gobierno del FDRPE en 1991, este gobernó la zona a través de partidos locales, pero el poder real seguía en manos de los habitantes de las montañas. Surgieron conflictos étnicos entre los habitantes de las mesetas y los anuaks, que en ocasiones también han involucrado a los nuer.[12] Estos problemas étnicos comenzaron en la década de 1980, cuando el Derg recurrió al reasentamiento forzoso para trasladar a unas 50 000 personas de las explotadas montañas centrales de Etiopía, afectadas por la sequía, a la fértil, pero pantanosa e infestada de malaria, Gambela, donde viven los anuaks y los nuers.[12] Los rebeldes anuaks también atacan a mineros y trabajadores de desarrollo económico en Gambela. En 2004, los militantes asesinaron a 3 trabajadores refugiados del gobierno y atacaron un vehículo de las Naciones Unidas.[3]
En octubre de 2005, rebeldes anuaks atacaron a 4 policías y guardias penitenciarios. Además de este ataque, los militantes anuaks atacaron la comisaría y la prisión para liberar a muchos combatientes rebeldes encarcelados.[13] También hirieron a otros 6 hombres y asesinaron al comisario regional de Gambela.[13]
Los nuers han vivido en Sudán del Sur durante siglos y miles de ellos huyeron a Etiopía debido al conflicto en Sudán del Sur y ahoran viven como refugiados en Gambela. A pesar del intento del gobierno regional de mantener la paz, los rebeldes anuaks continúan atacando nuers porque el descontento con el número de refugiados nuers. En agosto de 2002, 2 nuers fueron apuñalados varias veces por un grupo de jóvenes anuaks en el mercado principal de Gambela. También en 2002, una granada de mano arrojada sobre un camión lleno de pasaajeros nuers, en Jikawo, mató a 2 e hirió a 18. Una de las víctimas murió más tarde en el hospital a causa de sus heridas. El ataque tuvo lugar en la gasolinera de Mobil, en el centro de Gambela. El atacante, que también resultó herido en el proceso, fue retenido más tarde por el Ejército y supuestamente confesó que formaba parte de un grupo más grande organizado para eliminar a los nuers. El plan originalmente estaba previsto para atacar a los nuers durante la celebración del Año Nuevo etíope. También se lanzó una granada de mano a un dormitorio en la Escuela de Formación de Maestros, hiriendo a 6 refugiados sudaneses nuers. Durante el mismo día, un grupo de anuaks que llegaba hasta Abobo atacó por segunda vez el asentamiento nuer en Ochom, hiriendo a 4 personas, y matando 35 ovejas, 6 vacas y un número no especificado de cabras. 4 hogares fueron quemados. Entre los asaltantes, un número no especificado resultó muerto o herido. Más tarde, en 2002, 5 nuers que fueron a cortar bambú en el camino a Anfillo, Oromía, fueron emboscados, lo que resultó en 2 muertos y 1 herido. Los sobrevivientes identificaron a sus atacantes como anuaks. Los perpetradores no fueron capturados inmediatamente.[14]
En junio de 2006, presuntos militantes anuaks atacaron un autobús que viajaba de Addís Abeba a Gambela y mataron a 14 pasajeros, mientras que alrededor de 40 personas más resultaron heridas en el ataque.[3][3]
En septiembre de 2021, miembros del Ejército de Liberación de Gambela presuntamente llevaron a cabo múltiples ataques contra civiles anuaks en Gambela.[15]
En 2023, estalló un conflicto entre majangs y montañeses por disputas territoriales.[15]
Durante la década de 2020, el pueblo kwama en Gambela ha sido víctima de repetidos ataques, robos y reclutamiento forzado por parte del OLA.[15] En agosto de 2024, el OLA atacó Mao-Komo en la cercana Benishangul-Gumuz, lo que provocó el desplazamiento de muchos habitantes kwamaa a Pokong Kebele, Gambela.[15] Los kwams de Gambela también han sido víctimas de ataques y robos por parte del GLA porque están asentados en zonas remotas cerca de los campos de entrenamiento del OLA y el GLA.[15] De manera similar, el pueblo opo, otro grupo étnico minoritario en Gambela, se ha visto afectado por las actividades del GLA debido a su proximidad a las zonas donde opera el grupo y muchos de ellos han sido desplazados de Wankey, su aldea en Itang.[15]
