El convento fue fundado en 1676 por Teresa de Velasco, hija de Pedro Fernández de Velasco y Velasco del Campo, II conde de la Revilla. Esta dama era viuda de su tercer matrimonio con Pedro Luis de Zúñiga y Enríquez, IV marqués de Aguilafuente (-1668), habiéndose estado casada anteriormente en segundas nupcias con García de Porres y Silva (1600-1664), consejero de Inquisición[1] y en primeras con Fernando Pizarro, consejero del de Castilla.
La primera ubicación del convento fue frente al convento masculino de Nuestra Señora de la Merced, en la esquina de la calle de la Colegiata.[2] Fueron sus primeras monjas salidas del convento de don Juan de Alarcón. La advocación del convento a Fernando III el Santo se debió a la voluntad de Mariana de Austria, que, hasta 1675, había regido el reino en nombre de su hijo Carlos II. Este rey de Castilla había sido canonizado hacía pocos años, en 1671, por Clemente X.
Hacia finales de siglo la comunidad se trasladó a la calle de Santa Bárbara (actual calle de la Libertad) esquina con la calle del Piamonte, recibiendo licencia para realizar la obra de la iglesia en 1698[3]
La iglesia y el convento no gozaron de la estimación de autores como Ponz o Mesonero Romanos.[4]
En 1870 se trasladaron a la calle de Bravo Murillo, en el lugar donde hoy se alza la iglesia de San Antonio de Padua construida tras la destrucción del convento en 1931 fruto de la ola de violencia anticlerical contra edificios e instituciones de la Iglesia católica ocurrida pocas semanas después de haberse proclamado la Segunda República.
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