Nació en la isla Santa María, Azores. Arribó al Río de la Plata junto sus padres y hermanos en 1598.[1] Era hijo de Amador Vaz de Alpoim y Margarita Cabral de Melo, perteneciente a una noble familia, entre cuyos remotos antepasados figuraba el rey Alfonso III de Portugal.[2] Cristóbal Cabral de Melo contrajo matrimonio con María Carvajal de Salas, hija del capitán Gonzalo Carvajal y María de Salas, miembros de una distinguida familia.
