La policía no pudo encontrar ningún indicio de que Negrete tuviera enemigos serios, una vida secreta, depresión, problemas con las drogas o el alcohol.[3][5] Interrogaron a amigos suyos y a otras personas que vivían en su piso, pero nadie dijo haber visto a Negrete desde las 4 de la madrugada.[3] Aunque originalmente era sólo un caso de persona desaparecida, pronto se convirtió en una investigación de homicidio.[4] La única pista fue la que dieron varios estudiantes, la de un hombre caucásico que había sido visto en el piso la noche de la desaparición, a quien nadie podía explicar. La policía publicó un retrato robot del hombre e hizo un llamamiento para que se presentara, subrayando que no estaba siendo investigado y que no estaban seguros de si su presencia tenía algo que ver con el caso. Sin embargo, nadie se presentó.[1][6]
Negrete no tenía coche en la UCLA, y los sabuesos de la policía de Los Ángeles parecieron rastrear su olor hasta una parada de autobús al otro lado del campus.[1] Sin embargo, los investigadores dijeron posteriormente que los perros estaban confundidos y que no había que fiarse del olor.[3] La policía buscó en el vertedero y en todas las obras del campus, pero no encontró rastro de Negrete.[3] Se enviaron más de 500 pistas a la policía, pero no se obtuvo nada de ninguna de ellas.[6]
No se ha registrado actividad alguna en las tarjetas de crédito de Negrete desde su desaparición. Varios videntes afirmaron que Negrete estaba vivo, y facilitaron a sus padres sus supuestas ubicaciones, pero en todos los casos resultó ser incorrecto.[4] Los padres de Negrete contrataron a dos detectives privados para que investigaran el asunto con mayor detalle, y ofrecieron una recompensa de 100 000 dólares por información que condujera al paradero de Negrete, que nunca fue reclamada.[4] Island Fever, la banda para la que Negrete tocaba la trompeta, organizó varios eventos para recaudar fondos para su búsqueda.[7]
En 2013, el hermano de Negrete, Steve, miembro de la banda Steam Powered Giraffe, declaró que, antes de su desaparición, Negrete había consumido recientemente drogas, incluido éxtasis, y había asistido a raves. En su opinión, Negrete, bajo los efectos de las drogas, había abandonado el edificio y posteriormente había sido secuestrado.[8]