Hasta mucho después se supo, que antes de su asesinato, el funcionario había estado recibiendo amenazas de muerte e incluso alguien había arrojado repetidamente una corona de muerto en su jardín una semana antes de su asesinato.[1][3]
El Viernes Santo 1 de abril de 1994, a eso de las 23:30 horas aproximadamente, González retornaba de la Antigua Guatemala en compañía de su esposa y de su hijo menor, a su llegada a la capital el abogado fue atacado por hombres armados, frente a su casa de habitación, situada en la zona 2.[4] Fue asesinado a disparos, su esposa logró llevarlo a un hospital cercano y minutos después falleció ya en día 2 de abril. Los proyectiles que le alcanzaron tras haber penetrado la ventanilla trasera de su vehículo eran de calibre 3.80 mm.[5][6]
En ese momento se entró en un dilema acerca de si el asesinato tuvo una naturaleza política o fue causa de la delincuencia. Como miembro de la corte, González había votado por la extradición a Estados Unidos del Teniente Coronel Carlos Ochoa Ruiz un mes antes de su asesinato.[1] Luego del hecho, los restantes jueces del tribunal constitucional votaron en contra a esta decisión.[1]
Marlon Salazar López y Antonio Trabanino Vargas fueron capturados y encarcelados por el asesinato de González Dubón, ellos fueron condenados a 25 años de cárcel.[7] Un tercer involucrado, Mario Salazar López, fue arrestado, aunque logró inicialmente apelar su sentencia, volvió a prisión en el 2001.[1]
Finalmente en 1996 fueron sentenciadas 6 personas que fueron dejadas en libertad casi de inmediato. Los jueces admitirían después que se vieron obligados a ello por amenazas mortales.
La muerte del entonces presidente de la Corte de Constitucionalidad dejó un gran vacío y pesar en la comunidad nacional.[4]
Las autoridades insistían en que se trataba de un crimen corriente. Pero ni la familia ni los grupos de Derechos Humanos lo creyeron. Dos días después de su muerte el pedido de extradición que él había autorizado fue anulado, y la documentación relativa a la decisión original fue «extraviada».[5]
El día del sepelio se presentaron numerosos profesionales del derecho, magistrados de la CC, y del Tribunal Supremo Electoral, así como militares, diplomáticos y amigos de la familia, dieron el último adiós al licenciado González Dubón, quien fue enterrado en el cementerio Los Cipreses en la zona 5. También estuvo presente el presidente Ramiro de León Carpio y los ministros de Gobernación, Danilo Parinello Blanco; de Relaciones Exteriores, Maritza Ruiz de Vielman; de Educación, Celestino Tay Coyoy, y otros funcionarios de Gobierno llegaron a dar su pésame a los familiares.[5]
El Procurador de los Derechos Humanos, Jorge Mario García Laguardia declaró que el asesinato del licenciado Epaminondas González Dubón era parte de un «plan de conspiración que agudiza la crisis de ingobernabilidad y que profundiza un vacío de poder».[5]
El presidente en funciones de la CC Gabriel Larios Ochaita dijo: « No cabe la menor duda que el asesinato del licenciado Epaminondas González Dubón es institucional porque va dirigido contra la Corte de Constitucionalidad».
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