Durante su gobierno los precios y la exportación del café se mantuvieron estables, Rivera crearía obras importantes para el país, como la construcción de represas, carreteras y se crearía instituciones para la modernización del estado, Rivera también estimuló la productividad del agro, principalmente en los subsectores como el algodón y el ganado bovino; se propició la integración económica y comercial de Centroamérica; y se inició el proceso de industrialización, dando estímulos fiscales a la exportación y a las industrias nacionales, también impulsaría en la Asamblea Legislativa una de las reformas legales más profundas en el sistema político salvadoreño, que consistió en una Ley Electoral que abrió espacios políticos a los partidos de oposición mediante la representación proporcional en la Asamblea Legislativa. Ese Gobierno llevó a cabo también una reforma social caracterizada por programas de alfabetización y atención médica, labores de acción cívica con la fuerza armada, reparto de alimentos y ropa y construcción de canchas deportivas.
También trabajó arduamente con John F. Kennedy en el marco del programa Alianza para el Progreso, una política estadounidense que apoyaría en la lucha contra la ideología comunista; sin embargo, entre sus aspectos negativos está la creación de la Organización Democrática Nacionalista (ORDEN), un escuadrón de la muerte que usaría con fines para la persecución de opositores y campesinos.