En 1931, en las elecciones municipales que propiciarían la proclamación de la Segunda República, resultó elegido alcalde de la localidad navarra de Santesteban por la minoría radical-socialista.
Pocos meses después, en las elecciones constituyentes de 1931 fue elegido diputado por la Conjunción Republicano-Socialista como militante del Partido Republicano Radical Socialista.
De gran formación y capacidad intelectual, Emilio Azarola fue uno de los más vehementes opositores a la anexión de Navarra al País Vasco encabezando el rechazo de los republicanos navarros a la aprobación de un estatuto de autonomía conjunto para las provincias vascas y Navarra.
Así, y en calidad de alcalde de Santesteban, Azarola participó en la asamblea de ayuntamientos navarros celebrada en Pamplona el 31 de enero de 1932 para debatir sobre el estatuto de autonomía vasconavarro. Allí adquirió especial protagonismo por manifestar su preocupación de que al ser la población de las provincias vascas superior a la de Navarra la voluntad de los navarros pudiera quedar anulada en la decisión que finalmente se tomase sobre el contenido del estatuto. Por eso, propuso que se aprobase una enmienda según la cual el requisito establecido en la Constitución de 1931 de que para poder aprobarse el estatuto de una región autónoma era necesario contar con el apoyo de 2/3 de ayuntamientos y de los electores, se computase sólo en relación con los ayuntamientos y electores de Navarra y no sobre el conjunto de Navarra y las provincias vascas. Propuesta que fue aprobada por la asamblea de los ayuntamientos navarros con el siguiente texto:[6]
“Se acuerda verificar la votación en la forma señalada en la convocatoria, y en el caso de que sea favorable al Estatuto Vasco-Navarro, la Asamblea acuerda que el Estatuto definitivo que se apruebe no podrá obligar a Navarra, si no llega a obtener en la Asamblea general y en el plebiscito las mayorías de votos navarros exigidos en los apartados a) y b) del artículo 12 de la Constitución Española”
Meses después, Azarola participó también como alcalde de Santesteban en la asamblea de ayuntamientos vascos y navarros celebrada en Pamplona el 19 de julio de 1932 para votar definitivamente la propuesta estatuto de autonomía vasconavarro donde defendió que antes de la votación los representantes municipales navarros se reunieran al margen de los vascos para poder así debatir sin interferencias ajenas a Navarra. Procediéndose después de esa reunión a la votación definitiva en la que los ayuntamientos navarros votaron mayoritariamente rechazar la propuesta de sumarse al estatuto vasco.
Entre 1935 y 1936 Emilio Azarola desempeñó el cargo de jefe de gabinete del Ministerio de Marina durante el periodo en el que su hermano Antonio fue ministro de dicha cartera, volviendo a continuación a su carrera funcionarial en el Cuerpo de Ingenieros de Caminos, Canales y Puertos.
