Emilio comenzaría su carrera en los banquillos en las categorías inferiores del Atlético de Madrid, Atlético Pinto y en el Valdemoro Club de Fútbol.
En la temporada 2004-05, firma como entrenador del CF Fuenlabrada de la Segunda División B de España, al que dirige durante cuatro temporadas.
El 9 de enero de 2009, se convierte en entrenador del Getafe Club de Fútbol "B" de la Tercera División de España, sustituyendo al destituido Manuel García Calderón.[2]
En la temporada 2009-10, continuaría al frente del filial azulino con el que logró el ascenso a la Segunda División B de España. Emilio trabajaría durante otras tres temporadas más dirigiendo al Getafe Club de Fútbol "B" en la Segunda División B de España, manteniendo al equipo en la categoría de bronce del fútbol español, abandonando el cargo al término de la temporada 2012-13.
En la temporada 2014-15, regresa al CF Fuenlabrada de la Segunda División B de España. El 17 de febrero de 2015, sería destituido como entrenador del conjunto de Fuenlabrada.
El 19 de junio de 2016, firma como entrenador del Arandina CF de la Segunda División B de España.[3]
El 4 de julio de 2018, firma como entrenador del Alcobendas Sport de la Tercera División de España.[4]
El 11 de febrero de 2020, firma como entrenador del Getafe Club de Fútbol "B" de la Segunda División B de España, tras la destitución de Diego Montoya.
En la temporada 2020-21, vuelve a dirigir al Getafe Club de Fútbol "B" de la Segunda División B de España, no pudiendo evitar su descenso a la Tercera Federación.
El 22 de febrero de 2022, firma por el Real Jaén Club de Fútbol de la Tercera División de España, sustituyendo a Juan Arsenal[5] y al que dirigiría hasta el final de la temporada.
El 30 de diciembre de 2022, regresa al banquillo del Getafe CF B en la Tercera Federación, tras la destitución de Ángel Dongil. y consigue el ascenso a la Segunda Federación.[6]
El 13 de noviembre de 2023, es destituido como entrenador del Getafe CF B de la Segunda Federación y es sustituido por Gabi Fernández[7]
El 13 de febrero de 2025, firma por el C. D. Unión Sur Yaiza de la Segunda Federación.[8]
Para la temporada 2025-2026 firma por el Yugo UD Socuéllamos.
