La idea de la escuela fue propuesta por primera vez en diciembre de 2017,[3] y se inauguró el 6 de abril de 2018 por Ximena Maturana, coordinadora de la escuela, y Evelyn Silva, su directora, quien es también la presidenta de la Fundación Selenna, una organización de derechos trans.[4] La escuela se encuentra en un espacio proporcionado por un centro comunitario donado por la comunidad de Ñuñoa.[5][6] En mayo de 2019, había 38 estudiantes matriculados, de los cuales 22 o 23 se identificaban como trans, y el resto eran principalmente amigos y familiares de los estudiantes trans.[2] Los estudiantes reportaron haber sido víctimas de acoso escolar,[5] y muchos de ellos habían abandonado previamente la escuela.[2]
El país aprobó en 2018 una ley de identidad de género que permite a las personas mayores de 14 años cambiar el género en sus documentos de identidad, con el permiso de sus padres requerido para aquellos menores de 18 años.[1]
La escuela cuenta con dos aulas, una para estudiantes menores de 12 años y otra para aquellos de 12 a 17 años.[2] En mayo de 2019, los maestros trabajaban sin recibir salario, y Maturano y Silva cubrieron todos los demás costos durante el primer año,[1] pero se propusieron establecer cuotas mensuales a partir de marzo.[5][3] Un programa de verano iniciado en 2019 contó con 20 participantes,[3] 8 de los cuales no estaban inscritos previamente en la escuela. La escuela espera ganar una subvención de competición de $20,000 de un fondo internacional trans para poder expandirse.[1][3] Los estudiantes deben tomar exámenes proporcionados por el Ministerio de Educación para certificar que han pasado de nivel escolar.[7]
La escuela lleva el nombre de Amaranta Gómez Regalado, una activista y política mexicana zapoteca que se identifica como muxe.[8] Es apodada "les niñes", que es la forma en español neutral en cuanto al género para referirse a "los niños" o "las niñas".[7]