La idea de construir esta escuela nació en el siglo XVIII, en el contexto de reforma y auge de la Armada Española. En 1776, una real orden mandaba hacer los preparativos para la construcción de sendas academias de guardiamarinas en Cartagena y Ferrol (La Coruña),[1] que se sumaban a la ya existente en Cádiz, y que empezaron a tomar forma con la presentación del proyecto de la escuela cartagenera en 1785 de la mano del arquitecto Juan de Villanueva, llevándose a cabo su construcción entre 1789 y 1810 bajo el estilo neoclásico. Sin embargo, en las obras también prestaron servicio otros arquitectos o ingenieros como Simón Ferrer y Burgos, Simón Torres y José Polo Pavía. El 8 de septiembre de 1810 fue ocupado el inmueble por los guardiamarinas, que hasta entonces habían tenido su academia-cuartel en la Plaza de San Agustín, en las cercanías del Arsenal.[2]
A pesar de que para entonces había transcurrido poco tiempo desde su edificación, la Escuela de Guardiamarinas de Cartagena fue clausurada por R.O. de 26 de septiembre de 1824, junto a la de Ferrol, con objeto de unificar la formación de cadetes en la isla de León (San Fernando, Cádiz), en lo que acabaría siendo la Escuela Naval Militar, que permanecería en Cádiz hasta ser trasladada a Marín (Pontevedra) en el año 1943.
Posteriormente, y en distintas épocas, el antiguo Cuartel de Guardias Marinas fue sede de la Escuela de Administración de la Armada, de la Escuela de Torpedos, y de la Intendencia de Marina, hasta acabar más tarde como sede de los Servicios Generales del Departamento, estando ubicados allí la Jefatura de Máquinas, la Intendencia, la Auditoría y la Intervención de la Zona Marítima del Mediterráneo, donde también tuvieron su residencia oficial los jefes de cada uno de esos servicios, todos ellos desempeñados por coroneles de los respectivos cuerpos de máquinas, intendencia, jurídico y de intervención.