El 30 de junio de 1887 se habilitó la conexión ferroviaria a través de la línea que luego se integraría en el Ferrocarril General Urquiza con las ciudades de Paraná, Nogoyá y Rosario del Tala.
Durante el gobierno de Carlos Menem el 10 de marzo de 1993 los ramales de Entre Ríos fueron abandonados, quedando suspendido el servicio del tren n.º 609-610 Río Paraná que circulaba entre la Estación Federico Lacroze y Paraná y el servicio de los trenes n.º 2305 a 2308 entre Concepción del Uruguay y Paraná.
El 19 de diciembre de 2009 se realizó un viaje de prueba desde Paraná a Basavilbaso con la presencia del gobernador Sergio Urribarri. Fue la primera vez en 18 años que volvió a pasar el tren por esas vías.[2]
El servicio Paraná-Concepción del Uruguay fue puesto en marcha el 28 de junio de 2010 con un coche motor Materfer que corría los días viernes de Paraná a Concepción del Uruguay y efectuaba el regreso los días domingos.[3] El servicio pasaba por 24 localidades entrerrianas operado por la Unidad Ejecutora Ferroviaria de Entre Ríos.[4]
El 18 de septiembre de 2013, por encargo del Estado Nacional, el ministro del Interior y Transporte, Florencio Randazzo y el gobernador Urribarri, la Operadora Ferroviaria Sociedad del Estado pasó a encargarse del costo operativo del ramal, siendo esta la actual responsable del servicio de pasajeros, y la Administración de Infraestructura Ferroviaria la encargada del mantenimiento e infraestructura del ramal.[5] El servicio contaba con dos frecuencias semanales, pero fue interrumpido en febrero de 2016.[6]
