Hijo de Antonio Gervasio Fernández de Navarrete y Paz y de Demetria Fernández de Navarrete y Esquivel, nació en el palacio de Ávalos y estudió las primeras letras en Santo Domingo de La Calzada. En 1829 lo llevó a Madrid su abuelo paterno, decimotercer director de la Real Academia de la Historia, y allí estudió filosofía. Tras concluir la carrera, volvió a La Rioja, pero como se hallaba revuelta por la primera guerra carlista, sus padres lo enviaron a Francia y en 1840 regresó. Empezó a escribir en periódicos científicos y literarios y en el invierno de 1847 a 1848 participó en las sesiones literarias del Ateneo de Madrid. Heredó los papeles de su abuelo, el gran erudito, historiador y biógrafo Martín Fernández de Navarrete, completando algunas de las obras que dejó sin terminar y publicando otras inéditas. Publicó varios libros y fue miembro activo de la Real Academia de la Historia. Se casó con María de la Cabeza Josefa Ramona Hurtado de Mendoza y Otazu, de la que tuvo seis hijos, uno de ellos, Antonio (1859-1936), Marqués de Legarda.
Escribió las biografías de Garcilaso de la Vega, de Juan Sebastián Elcano, de Hernando Colón y de Félix María Samaniego, con frecuentes descuidos e incorrecciones, aunque bastante documentadas. Por ejemplo, la de Garcilaso de la Vega, primera sobre el poeta, contiene un apéndice con trece interesantes «ilustraciones», diecinueve documentos, siete árboles genealógicos y una carta facsímil de Garcilaso al emperador Carlos V, pero los documentos no están transcritos con los mismos criterios y abundan en lecturas incorrectas, aparte de que los documentos completos alternan con resúmenes de otros y en muchos casos no se facilita la signatura para su localización, si bien se indica que todos proceden del Archivo General de Simancas. En la de Samaniego, por otra parte, da crédito a algunas habladurías locales.
