Aguilar nació en Frailes (Jaén), pero con once años, emigró junto a su familia a Álava para instalarse, tres años después, definitivamente en Arechavaleta.[citarequerida] En 1957, participó en su primera carrera en su comarca, consiguiendo la quinta posición en la categoría júnior. Esta carrera provocó que fichara por la Unión Deportiva Aretxabaleta. En 1959, Aguilar conseguía el campeonato de España de 5000 metros en pista y la victoria del Cross Internacional de San Sebastián. En el panorama internacional debuta en el Cross de las Naciones celebrado en Lisboa (Portugal), junto a Tomás Barris.
En pista, fue seleccionado para participar en los Juegos Iberoamericano de 1962, donde alcanzó el quinto puesto en la final de 5000 metros y se alzó con el bronce en los IV Juegos Mediterráneos de Nápoles (Italia) de 1963. En el panorama nacional, se campeón nacional absoluto de 5000 (1963), 10000 metros (1963 y 1967) y de 1500 (1965), batió en dos ocasiones los récords nacionales en 5000 y 10000 metros y logró la mínima para participar en los Juegos Olímpicos de Tokio 1964, donde se retiró en la prueba de 10000 metros y quedó en la duodécima posición de las semifinales (el 37.º en la clasificación general) de la de 5000, quedando fuera de la final.[4]
En 1975, abandonó su trayectoria profesional. Después de retirarse aun siguió corriendo en la categoría de veteranos y en 1978 corrió la I Maratón de San Sebastián, donde terminó cuarto.[3]
Después de su jubilación como funcionario del Ayuntamiento de San Sebastián, fijó su residencia en Torrevieja, donde falleció el 21 de junio de 2013, a los 75 años de edad.[1]
