Schmidberger creció como el hijo menor de una familia de agricultores, junto a dos hermanas mayores (un hermano mayor había fallecido en la infancia). Asistió a la escuela primaria en Göffingen, donde un solo maestro impartía ocho clases en una sola aula. Debido a los problemas de crecimiento que sufrió de niño, surgieron dudas sobre el plan original para que él, como único heredero varón, se hiciera cargo de la granja familiar, y sus padres presionaron para que se trasladara al Gymnasium en Riedlingen, donde aprobó su examen de acceso a la universidad en octubre de 1966.
Tras graduarse de la secundaria, Schmidberger decidió estudiar matemáticas empresariales en la Universidad Ludwig Maximilian de Múnich. Se matriculó en el semestre de invierno de 1966-1967. Durante sus estudios, se unió a un grupo en torno al profesor de filosofía Reinhard Lauth, lo que describió en sus memorias como un punto de inflexión decisivo en su vida.
En 1972, Schmidberger completó sus estudios con un diploma y, después de un breve período como profesor en un internado en Schondorf, ingresó en el Seminario Internacional San Pío X de la Fraternidad Sacerdotal San Pío X, fundado por el arzobispo Marcel Lefebvre, en Écône, Suiza. El 3 de febrero de 1974, Schmidberger recibió la tonsura, y el 30 de marzo de 1974 y el 2 de junio de 1974, recibió las órdenes menores. El 8 de diciembre de 1975, Lefebvre le confirió el sacramento del Orden Sagrado en Ecône. Su primera misa estaba programada para el 13 de diciembre de 1975, en la Basílica de Nuestra Señora de la Asunción de Birnau en el lago de Constanza; sin embargo, el entonces arzobispo de Friburgo de Brisgovia, Hermann Schäufele, prohibió la celebración en la iglesia, obligando a Schmidberger a realizarla en el camping de Birnau-Maurach.
El 6 de enero de 1977, Schmidberger, en su calidad de Superior del Distrito de Alemania, fundó el Movimiento Juvenil Católico (KJB), que sigue siendo la organización juvenil de la FSSPX hasta la actualidad.[1]
En 1978, Schmidberger fundó el Seminario Internacional del Sagrado Corazón de Jesús en el Castillo de Zaitzkofen por encargo de Lefebvre, y en 1979 fue nombrado superior del distrito alemán de la FSSPX.
Como Vicario General del Arzobispo Lefebvre, lo sucedió como segundo Superior General de la FSSPX entre 1982 y 1994. Su mandato como Superior General coincidió con la consagración de cuatro obispos de la Fraternidad en 1988, y con la muerte de Lefebvre.
Tras el Capítulo General de 1994, fue primer asistente de Monseñor Bernard Fellay, quien lo sucedió como Superior General. En el verano de 1996, asumió la dirección del distrito austriaco de la Fraternidad en Jaidhof. Desde 2003, fue rector del seminario de Zaitzkofen. A partir de 2006, fue de nuevo superior del distrito alemán, con sede en Stuttgart, antes de ejercer de nuevo como rector del seminario de Zaitzkofen desde el 15 de agosto de 2013 hasta el verano de 2020.[2]
Schmidberger se jubiló en el verano de 2020. Publicó sus memorias en 2021.