En la estructura de mando del Gakutotai, una escuela secundaria se convertía en una chutai (compañía). Cada clase se convertía en una shotai (sección) y cada clase se dividía a su vez en butai (escuadrones).[2] Existían diferencias en el entrenamiento de los estudiantes varones y mujeres. Los estudiantes varones recibían un entrenamiento más riguroso, como educación física, tiro, tácticas militares y todo el entrenamiento militar básico necesario para crear soldados modelo para el esfuerzo bélico japonés. También se les proporcionaban réplicas de fusiles Arisaka (mokujū) para su entrenamiento, mientras que a los jefes de clase se les daban espadas de madera (bokken) como a los comandantes del Ejército Imperial Japonés. El entrenamiento para las estudiantes era físicamente menos exigente y giraba en torno a la medicina de emergencia, la preparación de comidas y la recopilación de inteligencia militar enemiga.[1]
