En la primavera de 1995, y posteriormente en 1996, Gilbert Bourdin fue demandado[3] por “violaciones y agresiones sexuales” por parte de dos antiguos miembros del movimiento omita. La primera acusación fue denegada, pero debido a una campaña mediática el caso fue reabierto y surgieron nuevas acusaciones.
Gilbert Bourdin fue arrestado por las autoridades francesas, pero fue rápidamente puesto en libertad vigilada debido a su precaria salud.
El 27 de junio del año 2000 las dos demandantes, Florence Roncaglia y Francine Grad fueron indemnizadas respectivamente con 200.000 y 50.000 francos franceses por la Comisión de Indemnización de Víctimas de la Infracción (CIVI), después de que el proceso judicial fuera detenido a la muerte de Gilbert Bourdin
B. Nicolas y F. Roncaglia escribieron un libro sobre Gilbert Bourdin publicado por TF1 Editions en el que daban por cierto los abusos y acusaciones. Fueron condenadas por el Tribunal de Alta Instancia de Nanterre el 17 de noviembre de 1995 por haber ignorado la presunción de inocencia de Gilbert Bourdin.
Según los discípulos de Gilbert Bourdin, y el propio Gilbert Bourdin, las acusaciones de violación son calumnias inventadas. Según ellos, F. Roncaglia no conocía la fecha de las presuntas violaciones y se contradijo en sus declaraciones ante el juez: 9 años, 14 años, 16 años, y además la acusadora desconocía la existencia de los tatuajes que cubrían el cuerpo de Gilbert Bourdin.[4]
Falleció el 20 de marzo de 1998. Tras su muerte, una gran resistencia popular y administrativa impidieron que fuera enterrado en un cementerio de la región o en el propio Mandarom, ya que era considerada una inhumación ilegal. Las autoridades incluso recurrieron a la fuerza. La tumba finalmente fue construida y sellada con hormigón armado para que resultara inviolable.[5]
