El mexclapique de Zacapu suele tener una coloración amarilla con manchas negras en el cuerpo y aleta dorsal sin dimorfismo sexual presente a simple vista. Solo se han encontrado especímenes en la laguna de Zacapu.[1][4]
Los ejemplares adultos machos suelen medir 22 mm de longitud estándar, mientras que las hembras hasta 31 mm, la longitud de cabeza representa del 22% al 23% del largo estándar en hembras, mientras en machos va del 26% al 30%; la longitud predorsal representa un 41% del largo estándar en hembras y entre el 39% y el 41% en machos; la longitud preanal va del 59% al 62% del largo estándar en hembras y del 63% al 66% en machos; la longitud paraventral respresnta el 38% del largo estándar en hembras y entre 49% y 57% en machos, mientras la altura del cuerpo representa del 23% al 25% en hembras y 27% en machos.[1][4]
Girardinichthys ireneae cuenta con entre 29 y 30 espinas dorsales, lo cual es una cantidad significativamente mayor que las que poseen Girardinichthys multiradiatus (18 a 28) y Girardinichthys viviparus (18 a 23) pero menor a las encontradas en Hubbsina turneri (31 a 37); la cantidad de espinas anales para G. ireneae va de 14 a 15, mientras que para G. multiradiatus va de 18 a 26, 20 a 26 para G. viviparus y 12 a 14 para G. turneri; la cantidad máxima de escamas en una fila es significativamente menor para G. ireneae (29 a 31) en comparación con G. turneri (33 a 37) G. viviparus y G. multiradiatus (40 a 45 para éstos 2 últimos); G. ireneae tiene entre 31 y 32 vértebras, mientras G. turneri tiene 34, G. multiradiatus tiene entre 29 y 31 y G. viviparus tiene entre 35 y 37.[1][4]
