Golpe de Estado en Burundi de 1987

En septiembre de 1987, Bagaza viajó a Québec, Canadá, para asistir a la II Cumbre de la Agencia de Cooperación Cultural y Técnica (Actual Organización Internacional de la Francofonía). El 3 de septiembre, aprovechando su ausencia, las Fuerzas Armadas tomaron el poder del país, dirigidas por el primo de Bagaza, el Mayor Pierre Buyoya.^[7] Una vez se enteró del golpe, Bagaza regresó inmediatamente a África, pero el Aeropuerto Internacional de Buyumbura fue cerrado por los golpistas y, en Nairobi se le negó la entrada a Kenia. Después viajó a París (Francia), antes de huir a Uganda, y, luego en 1989, a Libia, donde se le concedió asilo político.^[4][8]

Inmediatamente después de la toma, Buyoya formó una junta militar de 31 miembros denominada Comité Militar para la Salvación Nacional, suspendió la constitución y asumió como presidente el 2 de octubre de 1987.^[9][2]

Buyoya, un católico romano, dijo que levantaría las medidas impuestas a la Iglesia católica por el gobierno de Bagaza, además de proclamar una agenda de liberalización económica.^[10][11] La opresión de la junta gobernante, dominada por los tutsis, llevó a un alzamiento hutu en agosto de 1988, que dejó unos 20.000 muertos.^[11]

Fue sucedido por Melchior Ndadaye tras las elecciones presidenciales de 1993 y llegó al poder en Burundi por segunda vez tras un golpe militar en 1996 que derrocó a Sylvestre Ntibantunganya.^[11]