Después de tomar el poder estatal iraquí en febrero de 1963, las divisiones entre líderes baaz pro y anti-Nasser, así como entre líderes baaz nacionalistas panárabes de derecha e izquierda llevaron al primer gobierno baaz en el colapso de Irak en noviembre de 1963, mientras que 7,000 comunistas iraquíes permanecieron encarcelados.
El exdiputado de Qasim, Abdul Salam Arif (que no era baazista) recibió el título mayoritariamente ceremonial de presidente, mientras que el prominente general baazista Ahmed Hasán al Bakr fue nombrado primer ministro. El líder más poderoso del nuevo gobierno fue el secretario general del Partido Baaz iraquí, Ali Salih al-Sa'di, quien controló la milicia de la Guardia Nacional y organizó una masacre de cientos, si no miles, de presuntos comunistas y otros disidentes tras el golpe.[2]
al-Sa'di apoyó una unión con Siria, mientras que el ala militar más conservadora apoyó la "primera política de Irak" de Qasim. El faccionalismo, junto con el comportamiento indisciplinado de la Guardia Nacional, llevó al ala militar a iniciar un golpe de Estado contra la dirección del partido; al-Sadi se vio obligado a exiliarse en España.[3] al-Bakr, en un intento por salvar al partido, convocó a una reunión del Comando Nacional del Partido Baaz. La reunión exacerbó los problemas del Partido. Aflaq, que se veía a sí mismo como el líder del movimiento baazista panárabe, declaró su intención de tomar el control del Partido Baaz iraquí. El ala "Irak primero" se indignó, el presidente Arif perdió la paciencia con el Baaz y el Partido fue expulsado del gobierno el 18 de noviembre de 1963. Los 12 miembros del gobierno del Baaz se vieron obligados a dimitir y la Guardia Nacional fue sustituida por el Guardia Republicana.[4]