- Études sur les Appendiculaires du Détroit de Messine; Genf, Ramboz et Schuchardt, 1872.
- Die erste Entwickelung des Geryonideneies; Jena Zeitschr. 7. 471-492. pl. 24, 25. 1873
- Études sur le développement des mollusques. Premier mémoire : Sur le développement des ptéropodes; Paris, France: Centre National de la recherche scientifique, 1875?
- Note sur l'origine première des produits sexuels; Paris, Arch. sci. phys. nat. 1875. 53. 104-111
- Études sur le développment des mollusques. [Premier mémoire. Sur le développement des ptéropodes]; Paris, C. Reinwald, 1875
- Études sur le développement des mollusques. 1-3, 1875–1880; Archives de zool. exper. 4. 1875. 1-214. pl. 1-10; 5. 1876. 1-54. pl. 1-4; 8. 1880. 103-232. pl. 9-18
- Ueber die Schleimdrüse oder den Endostyl der Tunicaten; Morphol. Jahrb. 1876. 1. 222-242. pl. 7.
- Ein neues Compressorium; Morphol. Jahrbuch. 2. 1876. 440-444
- Sopra i fenomeni intimi della fecondazione degli echinodermi; Transunti R. Accad. Lincei, Rom, 1. 1877. 181-183
- Sur quelques fécondations anormales chez l'étoile de mer; Compter rendus Acad. sci. Paris. 84. 1877. 659-661
- Sur les phénomènes intimes de la division cellulaire; Paris, Comp. rend. Acad. sci Paris. 1876. 83. 667-669
- Sur les phénomènes intimes de la fécondation; Comptes rendus Acad. sci. Paris. 84. 268-271. 1877
- Sur le premier développement d'une étoile de mer [Asterias glacialis]; Comptes rendus Acad. sci. Paris. 84. 1877. 357-360
- Sur les premiers phénomènes de développement des echinodermes. Asterias glacialis; Rev. scient. de la France et de l'étranger. (2), xiii, 300. 1877
- Recherches sur la fécondation et le commencement de l'hénogénie chez divers animaux; Genf, 1879
- Contribution à la connaissance de la famille Tintinnodea; Genf, Bureau des archives, 1881
- Sur le Sticholonche Zanclea et un nouvel ordre de Rhizopodes; Genf, Georg, 1882
- Sur la production artificielle de l'inversion viscérale, ou heterotaxie chez des embryons de poulet; Comptes rendus Acad. sci. Paris. 1883 (con Édouard Sarrazin)
- Sur l'anatomie d'un embryon humain de la quatrième semaine; Comptes-rendus Acad. sci. Paris. 97. 1883. 1563-1566
- Sur l'origine de l'individualité chez les animaux supérieurs; Comptes-rendus Acad. sci. Paris. 97. 1883. 497-499
- Sur l'origine des cellules du follicule et de l'ovule chez les ascidies et chez d'autres animaux; Comptes rendus Acad. sci. Paris. 96. 1883. 1591-1594
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- Sur la profondeur à laquelle la lumière du jour penètre dans les eaux de la mer; Paris, 1884
- Sur la pénétration de la lumière du jour dans les eaux du lac de Genève; Paris, 1884 (con Sarrazin)
- Sur un appareil photographique destiné à prendre des poses d'animaux en mouvement; Archives des sciences physiques et naturelles ([de la] Bibliothèque Universelle) Troisième période, t(ome) 11. 11. (No. 5.15) mayo 1884
- Nouvelle méthode pour le transvasage de bouillons stérilisés et le dosage des germes vivants contenus dans l'eau; Genf, 1884 Recueil zoologique Suisse; Genf, Georg, 1884
- Sur l'effet d'un repos prolongé et sur celui d'un filtrage par la porcelaine sur la pureté de l'eau; Genf, 1885 (con Pierre Louis Dunant)
- Les microbes : résumé de deux conférences données à l'aula de l'Université de Genève en janvier 1885; Genf, Georg, 1885 Les microbes; Genf, Georg, 1885
- Sur la queue de l'embryon humain; Paris, 1885
- Deux laboratoires zoologiques sur le littoral méditerranéen de la France; Genf, 1884
- Beiträge zur histologischen Technik; : Zeitschrift f. Wissensch. Zoologie. 38. 1884. 491-495
- Recherches sur le nombre des germes vivants que renferment quelques eaux de Genève et des environs; Mémoires de la Société de physique et d'histoire naturelle de Genève, Tome 29, No. 3. Genève 1884 (with Pierre-Louis Dunant)
- Zoologie générale : Leçons données à l'Université de Genève pendant le semester d'hiver 1882-83; Genf, H. Georg, 1884
- Les Microbes : Résumé de deux Conférences données à l'Autor l'Université de Genève en Janvier 1885 (avec 5 Planches hors texte); Genf, 1885 Genève et son université; Genf, Imprimerie Charles Schuchardt, 1886
- Zoologie et physiologie; Arch. des sci. phys. et nat. (3). 16. 327-octubre 1886
- Sur la pénétration de la lumière dans la profondeur de la mer à diverses heures du jour; Paris, 1886 (Édouard Sarasin)
- Lehrbuch der vergleichenden mikroskopischen Anatomie Lfg.1. Die mikroskopisch-anatomische Technik; Leipzig Engelmann 1884
- Lehrbuch der vergleichenden mikroskopischen Anatomie, mit Einschluss der vergleichenden Histologie und Histogenie; Leipzig, Wilhelm Engelmann, 1884
- [Letter of resignation]; Genf, 1886
- Pénétration de la lumière du jour dans les eaux du lac de Genève et dans celles de la Méditerranée; Mémoires de la Société de physique et d'histoire naturelle de Genève, Tome 29, No. 13. Genève 1887
- Réponse à quelques objections formulées contre mes idées sur la pénétration du zoosperme; Paris, 1887
- Sur le commencement de l'hénogénie chez divers animaux; Arch. sci. phys. et naturelles. Geneve. 58. 439-472. 1877
- Le quadrille des centres : un épisode nouveau dans l'histoire de la fécondation : (extrait); Genf, Impr. Aubert-Schuchardt, 1891
- La lumière dans l'interieur de la mer; Neptunia. 1. 277-279; 1891
- Lehrbuch der vergleichenden mikroskopischen Anatomie Lfg.2. Die Zelle; Leipzig Engelmann 1896
- Recherches sur la fécondation et le commencement de l'hénogénie chez divers animaux; Genf, 1897
- Die Zelle; Leipzig, Engelmann, 1896
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