Fue uno de los principales tenientes de Pedro Arias Dávila, quien llegó al Darién hacia 1514. En 1516 estuvo en la exploración y conquista del istmo de Panamá. Luego de fundada la Ciudad de Panamá en 1519, partió una expedición por el Pacífico comandada por Gaspar de Espinosa en dirección a Nicaragua, pero una fuerte tormenta los detiene en la península de Burica. Espinosa dispuso quedarse pero se ordenó a Juan de Castañeda y Hernán Ponce de León que avanzaran por el mar.
La avanzada descubrió el golfo Dulce y avanzaron por territorio de la península de Osa, pero con problemas de desembarcar debido a la presencia de indígenas hostiles hasta llegar al golfo de San Vicente (hoy Tivives), en el golfo de Nicoya. Luego de una refriega, logran capturar a tres o cuatro indígenas, para hacerlos de intérpretes y guías de la zona. Posteriormente, regresaron a encontrarse con Diego de Espinosa en Natá de los Caballeros.
Junto con Bartolomé Hurtado, recorrió las costas de la provincia de Chiriquí y fundaron el poblado de Fonseca, de efímera duración.[2]
Luego, como teniente de Pedrarias, Ponce de León recibió la orden de capturar al conquistador Pedro de Alvarado. En 1536 se unió a la expedición de Hernando de Soto rumbo a Perú.
