En febrero de 2016, Hoodfar viajó a su país de origen, Irán, principalmente por razones personales pero también para continuar con sus investigaciones. En marzo, justo el día anterior a que Hoodfar dejara el país para reencontrarse con su familia en Londres, miembros de los Cuerpos de la Guardia Revolucionaria Islámica allanaron el piso en el que se encontraba y confiscaron sus pertenencias, entre ellas tres pasaportes. Después de tres meses de interrogatorios por parte de los servicios de inteligencia iraní, quedó arrestada a principios del mes de junio. En este punto, su familia, ya había denunciado públicamente su calvario en los medios.[4] En julio de 2016, fue revelado que Hoodfar fue procesada en Irán sin cargos conocidos y fue acusada de “inmiscuirse en el feminismo y asuntos de seguridad”, según fuentes cercanas al gobierno iraní.[5][6] Sitios web vinculados al gobierno iraní, vinculan su detención a teorías conspirativas diseñadas por gobiernos extranjeros.[7]
La liberación de Hoodfar fue anunciada el 26 de septiembre de 2016 por el portavoz del Ministerio de Asuntos Exteriores de Irán, Bahram Qasemi, a través de la agencia de noticias Fars. Su detención se prolongó durante 112 días.[8][9][10]
Durante sus 112 días de encarcelamiento en la prisión de Evin, Hoodfar fue sometida a tortura psicológica durante numerosos interrogatorios por parte de la Guardia Revolucionaria. Según declaró en una entrevista con CBS News tras su liberación, fue amenazada de muerte y le dijeron que podría pasar hasta 15 años en prisión o incluso no ser liberada nunca.[11][10]
