Cuando Miguel de Eza fundó el Hospital de Nuestra Señora de Gracia en el año 1566, todos los enfermos que había en el hospital general se trasladaron al de nueva fundación. El edificio del viejo se enajenó a Pedro Ortiz para que hiciese la fundación del “Hospitalillo para Niños Huérfanos”.[3]
Pedro Ortiz nació en Tudela ignorándose la fecha, falleció en su casa de Tudela, el martes 15 de octubre de 1596, según una declaración del escribano Jerónimo de Burgui y siete testigos en la que dicen que en dicho día vieron muerto a Pedro Ortiz, y que el jueves día 10 del mismo mes y año había hecho testamento cerrado ante el mismo escribano, a quien se le entregó.
Designa como heredera, fideicomiso a su mujer, Juana de Aragón, le encarga que haga una fundación para niños y niñas huérfanas, para lo que deja las casas donde él vive. Nombra por patronos al Deán, Cabildo, Alcalde y Regidores.
En su virtud se refirió la fundación en el año 1602 ante el mismo escribano, disponiendo según su testamento que de la sala baja de la casa principal con dos rejas se hiciera una iglesia bajo la advocación de San Pedro y San Pablo; que en ella se dijesen cada semana cuatro misas rezadas por el capellán en sufragio del fundador, y en cada misa un responso, y si el capellán estuviera legítimamente ocupado las diga otro sacerdote; que el capellán y maestro tuvieran de renta ochenta ducados anuales, con la obligación de las cuatro misas, enseñar a los niños a leer y a escribir y la doctrina cristiana y encaminarlos a la virtud; que el nombramiento de capellán se hiciera guardando alternativa entre Deán y Cabildo, y Alcalde y Regidores, de modo que nunca concurriesen ambos cuerpos en una nominación, ni hacer uno, dos consecutivos.
La cláusula segunda del testamento dice: “Mando y ordeno que sea mi cuerpo depositado en l Iglesia parroquial de Santa María Magdalena, en la parte y lugar que a mi carísima mujer Juana de Aragón y al señor Simón Gascón de Araciel, Vicario de dicho iglesia de la Magdalena, pareciese, para que después días de la dicha mujer se trasladen mis huesos al paraje y lugar que abajo se hará mención (-al de la iglesia del Hospitalillo-) de la dicha iglesia de la Magdalena.
Item.- “Dejo limosna a dicha iglesia de Santa María Magdalena, donde yo soy parroquiano, veinticuatro ducados porque me den lugar y sepultura donde mi cuerpo sea depositado a voluntad del señor Vicario y de la dicha mujer Juana de Argón.”
Esta primera parte de su voluntad se llevó a efecto, porque el escribano antes dicho extendía diligencia dentro de la misma parroquia en el propio día martes 15 de octubre, haciendo constar que celebrada la misa entierro por el cabildo, se procedió a dar sepultura al cadáver de Ortiz en una sepultura abierta “a la cantonada de la Capilla de Nuestra Señora en la nave principal de la misma iglesia…”. También se enterró en el mencionado templo a Juana de Aragón, fallecida el 17 de julio de 1603. En el libro de defunciones de la parroquia de 1809, folio 1534, aparece una inscripción en 9 de mayo, indicando que el cadáver a que se refiere se entierra delante de la sepultura que fue de Pedro Ortiz –(dice que fue)- por lo que se puede deducir que quizás sus restos serían trasladados al lugar que él dispuso.
La fundación pasó por momentos muy difíciles debido a su precaria economía hasta el extremo de tener que suspender la asistencia a los veinte niños para los que se había fundado. En el año 1765, Jorge de Montesa de Gante, Marqués de Montesa, hizo un legado con lo que se volvió a abrir para recoger a seis niños.
El Patronato, a través de los años tuvo que hacer frente a muchas vicisitudes económicas, siendo en alguna época la situación insostenible, hasta que en 1944 tuvo que cesar en sus actividades para las que se había fundado.[4]
En junio de 1997, la Junta de la Real Casa de Misericordia acordó vender el edificio al Ayuntamiento, quien tiene acordado su derribo por su estado de ruina.
Los últimos capellanes que dirigieron el centro fueron: Tomás Huguet Burgaleta y Víctor Merino Villafranca.