Fagoaga se formó en la cantera del Antiguoko K.E.,[1] llegando a la S.D. Eibar "B" en la temporada 1999-2000 y consiguiendo el ascenso a 2ªB al término de la misma.
En la temporada 2001-2002 debutó con la S.D. Eibar (2.ª) de la mano de Blas Ziarreta en el empate (1-1) en Ipurúa frente al R.C. Recreativo de Huelva.[2] En la temporada siguiente Fagoaga se convirtió en jugador de la primera plantilla, permaneciendo en el club hasta la temporada 2006-2007 tras el ascenso a 2ª División.
Tras su salida del club armero fichó por el Granada 74 C.F. (2.ª),[3] club creado a raíz de la compra de Carlos Marsá del C.F. Ciudad de Murcia, que traslado el equipo a Motril y cambió su nombre. Terminada la temporada, tras descender a 2ªB, dejó el equipo.
Fagoaga firmó en la temporada 2008-2009 por el Deportivo Alavés (2.ª),[4][5] donde una serie de complicaciones renales[6][7] le permitieon jugar solamente un partido y provocaron su retirada al final de la misma.
Posteriormente en la temporada 2011-2012 regresó a la S.D. Eibar para hacerse cargo del conjunto cadete[8] y en la temporada 2014-2015 se hizo cargo del banquillo juvenil al que dirigió durante 5 temporadas.[9]
En enero de 2019 pasó a entrenar al CD Vitoria, filial de la SD Eibar.[10]
En junio de 2021 se hizo cargo del Arenas Club de la Segunda División RFEF.[11] El 19 de abril de 2022, sería destituido y relevado por Toño Vadillo, que era el director deportivo del Arenas Club, cuando el equipo estaba a tres puntos de la eliminatoria.[12]
El 9 de diciembre de 2022, firma como entrenador del Club Portugalete de la Tercera División de España (Grupo IV).[13]
