Se tienen pocos datos sobre el origen del templo aunque la primera mención del templo ocurre el 18 de enero del 1097, pocos meses después de la Conquista de Huesca por Pedro I, en la que el rey dona al abad Raimundo del Monasterio de Leyre una mezquita y tres casas contiguas que estaban ubicadas cerca de la Iglesia de San Pedro para que la consagrase a San Salvador y a las Santas Nunilo y Alodia, ratificando la donación el 24 de octubre del año siguiente, cuando se consagró la iglesia abacial del monasterio de Leyre.
A pesar de tener las fechas de donación la fecha de la construcción del templo es desconocida, aunque se sabe que ya estaba construida en el siglo XII[1] y se supone que la mezquita previa se derribó y se construyó un templo nuevo en su lugar.
En febrero del 1418 Pedro Barrau empeñó una casa junto al copertiço de la Iglesia del Salvador por cien sueldos jaqueses aunque esta ya no aparece posteriormente en la lista de los clérigos contribuyentes en el 1488 para la conquista del Reino de Granada.
Aunque los monjes legerenses eran sus propietarios, estos encomendaron su cuidado a la cofradía de San Salvador, San Esteban y de las Santas Nunilo y Alodia, aunque en ella se fundó otra cofradía en el 1544, la de San Eloy, que era de los herreros y quienes posteriormente en el 1557 contrataron a Tomás Peliguet para realizar un retablo del santo para su capilla.
El templo fue derribado según el padre Novella en el 1760, construyéndose en su lugar casas aunque se levantó un pequeño oratorio cerca del pozo en el que se creía que se habían arrojado los cuerpos de las mártires Nunilo y Alodia en el siglo XI, aunque el canónigo e historiador oscense Ramón de Huesca documenta que los monjes habían cedido la iglesia a la cofradía de El Salvador y se habían reservado el dominio directo junto con un treudo de diez sueldos anuales pero que debido a la considerable pérdida de rentas que había sufrido el templo este había quedado en un estado deficiente para el culto, siendo usado como centro escolar de primeras letras aunque en el 1766 la cofradía la vendió con permiso de los monjes a Francisco Elpuey, quien terminó construyendo las casas y el oratorio de pequeño tamaño.[2]
De el pequeño oratorio se tienen noticias también en el 1698, cuando se menciona que el concejo la construyó y posteriormente fue decorada por el padre Vicente Novella en el 1791 para tener que ser reconstruida por el ayuntamiento de nuevo en el 1977 con el permiso del dueño del inmueble, Domingo Marín, siendo decorada con cerámica de Muel que representa a las dos santas.[3]
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