En 1594 se funda el convento de San Agustín en la casa palacio de los Saavedra.
El obispo de Guadix fray José Laínez, agustino exclaustrado, lo renueva construyendo esta iglesia y otras partes del convento. En 1810 las tropas francesas instalan en el convento un cuartel, produciéndose destrozos. Tras la retirada de las tropas francesas los agustinos lo recuperan. En 1836 es exclaustrado, vendiéndose sus bienes, y sufriendo un gran deterioro. Con el Concordato de 1851 vuelve a la diócesis, que instala el Seminario Conciliar de San Torcuato.
Durante la Guerra Civil, la iglesia dedicada a san Agustín, estaba administrada por el Ayuntamiento y la el sindicato UGT, y sirvió como almacén general de víveres. Sufrió un gran deterioro, y el derrumbe de la cúpula central. Por orden del obispo de Guadix en 1949 esta fue restaurada, siendo su planta transformada. En 1996 el convento se cede al Ayuntamiento de Guadix, y la iglesia a la Muy Ilustre y Fervorosa Hermandad de Nuestra Señora de las Lágrimas en 1999.[1][2]
