El interior se caracteriza por una penumbra inspiradora, y es de planta de cruz latina con una nave y numerosas capillas laterales con frescos y pinturas[2]. Los más importantes son:
- Segunda Capilla, con un fresco de Vincenzo Foppa (1462).
- 4ª Capilla, con un lienzo del Ángel de la Guarda de Sebastiano Ricci (1694[6]).
- 5ª Capilla, con una Asunción de Bernardo Cane y un lienzo con "San Agustín escribe sobre el corazón de María Magdalena de 'Pazzi" de Pietro Maggi.
- 6ª Capilla, con un retablo de Santa Ana y el Oficio de Lana (de Guglielmo Caccia) y con la "Visión del Papa Honorio III" de Filippo Abbiati.
- Capilla, que alberga un retablo gótico donado por Pío X, y un políptico del siglo XV con la Virgen y los Santos (de Bernardino da Cotignola).
Vincenzo Foppa, Madonna entronizada con el Niño, 1482-1489.
Bernardino Lanzani, Retablo, 1515.
Frescos votivos en el crucero (siglo XV) y retablo de Bernardino Lanzani.
Fresco votivo sobre una columna (siglo XV).
El portal de la sacristía (1576).
Fresco votivo del contratecho (segunda mitad del siglo XVI).
En la pared del ábside, sobre el altar, hay una vidriera policromada que representa a la Virgen entronizada con el Niño, realizada entre 1482 y 1489.[7] El cartón con la Virgen se atribuye a Vincenzo Foppa. El azulejo del siglo XV es el único que queda de la vidriera original que había sido reesmaltada en 1827. Durante la restauración de 1989, el azulejo del siglo XV, colocado en el centro, con la Virgen entronizada y el Niño se insertó en un nuevo marco, un rombo azul eléctrico con esquinas redondeadas inscrito a su vez en el gran círculo del rosetón con motivos geométricos modernos.[9] Sobre el altar, el arco triunfal de la iglesia está enriquecido por un gran iconostasio de madera con Jesús crucificado y, a sus lados, la Virgen y San Giovanni Evangelista, obra de Giovanni Battista Trucazzano, construida entre 1638 y 1645.
En el crucero de la pared izquierda hay numerosos y preciosos frescos votivos atribuidos al círculo de Michelino da Besozzo y fechados entre la primera y la cuarta década del siglo XV, y un retablo de Bernardino Lanzani con el Niño Jesús entre la Virgen, la SS. Anna, Joachim, John the Evangelist, firmado y fechado (1515).
En la pared lateral derecha del crucero se encuentra la fachada, rica en estucos barrocos, de la sacristía (1576), construida por el conde Camillo Pietra. Alrededor del portal que da acceso a la sala hay hornacinas simétricas con San Francisco de los Estigmas y Juan Bautista, mientras que la hornacina del tímpano alberga a la Virgen y el Niño.
En la contrafachada hay una pintura de la segunda mitad del siglo XV que representa a Nuestra Señora de las Gracias entre San Julio de Novara y San Antonio el Grande dentro de un marco arquitectónico del siglo XVI en madera tallada y dorada. La devoción popular atribuyó poderes milagrosos a la pintura y en torno a ella nacieron anécdotas y leyendas. A la derecha de la pintura hay un fresco (que data de la segunda mitad del siglo XVI) encerrado en un marco dorado pintado que incorpora la cueva de madera que tiene cinco representaciones de los milagros que habría realizado esta Virgen. Entre estos se encuentra el rescate de un naufragio en el Tesino en plena inundación[2].