Se tienen pocas noticias sobre el templo, siendo Durán Gudiol quien recoge la gran mayoría de ellas en diversos estudios, según él Sancho Ramírez prometió al Monasterio de Montearagón la mezquita aljama de Huesca, algo que su hijo y sucesor Pedro I no cumplió, por lo que en compensación les concedió la mezquita de la Zuda, residencia de los valíes de la ciudad de Wasqa.
El entorno tuvo intentos de población registrados en el 1140, cuando el abad Fortuño de Montearagon cedió las pardinas que tenían ahí a cuatro pobladores cristianos, donación que se amplió en el 1174 cuando Alfonso II donó a su hermano Berenguer, abad de Montearagón, otro solar en el entorno de la Zuda para construir una cocina que sirviera para el servicio de hospedería y enfermería que los canónigos tenían en la ciudad. Las posesiones de los canónigos de Montearagón siguieron aumentando a lo largo del siglo XII con donaciones privadas y sobre todo un intercambio con el rey en el 1175, quien a cambio de 500 sueldos les donaba una plaza cerca de la Zuda, incluyendo unos baños denominados como de Miguel Abenhambrón de los cuales no se tiene ninguna otra constancia.
Tras la construcción del Palacio Real de Huesca, el rey Alfonso II puso bajo la jurisdicción de Montearagón la capilla palaciega de San Nicolás, debiendo de mantener un sacerdote y dos clérigos en ella, cediendo el patrimonio necesario para su mantenimiento poco después en el 1205 cuando dona formalmente toda la Zuda al monasterio y dando permiso para poblarlo, algo que llevó a cabo el abad Fernando en marzo del 1225 concediendo a quince pobladores cristianos lotes en la zona para que construyesen su casa.[2]
A finales del siglo XV la iglesia contaba con un capellán titular de la propia iglesia y otro encargado de la capilla palaciega de San Nicolás pero posteriormente, y según Durán Gudiol, en 1571 a instancias de Felipe II, Pío V destinó la iglesia de Santa Cruz de la Zuda, propia del abadiato de Montearagón desmembrado en ese año, para la función de Seminario, cuya fundación la llevó a cabo en 1580 el obispo Pedro del Frago.
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