Hijo de una noble familia andaluza, vivió en su localidad natal hasta que se trasladó a Málaga, en cuyo seminario estudió. Ingresó en la Congregación de Clérigos Menores Regulares, fundada por Francisco Caracciolo.[1]
En 1806 fue designado vicario general de Gibraltar, territorio de la diócesis de Cádiz ocupado por el Reino Unido desde la Guerra de Sucesión. Domínguez ocupó este cargo hasta agosto de 1816. [2]
Tras la muerte de Juan Bautista Sacristán en 1816, la sede de Santafé permanecía vacante. Es por ello que, en el contexto bélico de la Guerra de Independencia colombiana y tras la Reconquista de la Nueva Granada por Pablo Morillo, el rey Fernando VII de España designó como arzobispo para la sede santafereña a Isidoro Domínguez, [2] de ideología liberal, el 28 de abril de 1818. [1]
Aunque el nombramiento tardó es ser confirmado, el 23 de agosto de 1819 el papa Pío VII confirmó el nombramiento de Isidoro Domínguez como arzobispo, preconizándolo para la sede metropolitana de Santa Fe en Nueva Granada. [3] Paralelamente, el 7 de agosto de 1819 tuvo lugar la batalla de Bocayá donde las tropas de Bolívar se aseguraron el dominio de los territorios del virreinato de Nueva Granada y pusieron fin al dominio español entrando en Bogotá el 10 de ese mismo mes. [2]
A pesar de la situación, Domínguez recibió la consagración episcopal en Madrid el 16 de enero de 1820. [3] Inicialmente, el nuevo obispo pretendía tomar posesión canónica de la sede metropolitana como se venía haciendo desde hacía siglos. Sin embargo, se encontró con dos grandes dificultades: la primera, la inexistencia de barcos españoles que viajaran a Cartagena de Indias y la oposición de las autoridades independentistas de la naciente república, que veían negativamente el nombramiento de un arzobispo elegido por el rey de España. [2]
Entre 1819 y 1821 la situación económica del arzobispo electo fue bastante precaria. Sin embargo, ante la dificultad de llegar a la sede americana y debido a los cambios políticos acaecidos en España con motivo del Trienio Liberal, en 1821 el arzobispo fue designado por su talante liberal vicario general de Burgos. Este nombramiento supuso la sustitución de facto del absolutista arzobispo burgalés, Manuel Cid Monroy, que se exilió a su localidad natal.[1][2]
Isidoro Domínguez falleció en Burgos, ejerciendo como vicario general y manteniendo el título de arzobispo de Bogotá, el 6 de abril de 1822. [1]