Regresó de la escuela Escuela Militar en 1941 para ser destinado a la Guarnición de Punta Arenas. Profesor de la Academia de Guerra y en diversas unidades. En 1963 partió comisionado por un año a Fort Benning en Estados Unidos. En 1968, fue ayudante secretario del ministro de Defensa, Juan de Dios Carmona, luego Comandante del Regimiento de Infantería N° 2 "Maipo" de Valparaíso y agregado militar en la embajada de Chile en Bonn hasta 1972, año en que fue nombrado director de Inteligencia e Institutos Militares del Ejército.
El 10 de septiembre de 1973, el General Augusto Pinochet encomienda la misión de comandar el regimiento Blindado N.º 2 (el mismo del tanquetazo) y rodear con tanques La Moneda.[2]
El 11 de septiembre comandó las fuerzas militares ingresaron a La Moneda. A las 14 horas, Palacios decide ingresar al palacio presidencial. En el asalto fue herido superficialmente en su mano derecha,[1] la que vendó con un pañuelo del teniente Armando Fernández Larios.[3] Al entrar al Salón Independencia se encontró con el cadáver de Salvador Allende. Reconoció al presidente por su macizo reloj Jaeger LeCoultre. Llamó al oficial de radio y entregó su escueto informe al vicealmirante Patricio Carvajal: «Misión cumplida. Moneda tomada, presidente muerto».[2]
El 13 de marzo de 1974 es nombrado en el cargo de vicepresidente de la Corporación de Fomento de la Producción (CORFO), cargo que ocuparía hasta el 20 de abril de 1975.[4] En dicho cargo le correspondió trabajar junto con José Piñera Carvallo y Hernán Büchi, quienes encabezaban el Comité Asesor de Créditos Externos.
En 1977 el general Palacios se retira de la institución militar a razón de diferencias fuertes de opinión con el mismo General Pinochet y algunos miembros de la institución, ya que pertenecía al grupo de militares que había apoyado una acción violenta, enérgica y fuerte de militares, para entregar pronto el poder a los civiles y volver a los regimientos, junto con Gustavo Leigh y Augusto Lutz. Como acostumbraba la dictadura a acallar las disensiones internas, le entregaban cargos de administración en las empresas dependientes del Estado de segunda importancia, tal como se hizo con Ismael Huerta Díaz o Patricio Carvajal. Primero es nombrado delegado presidencial en el Instituto de Seguros del Estado.[5] Al año siguiente es nombrado gerente general de la CORFO en Nueva York, Estados Unidos, cargo que asumió entre 1982 y 1987.
Javier Palacios tuvo en su vida tres hijos, dos de su vínculo matrimonial inicial, y un tercero de una relación que mantuvo por periodo de más de 30 años. El año 1991 se traslada a vivir a Viña del Mar, en compañía de su segunda mujer e hija menor.
Javier Palacios Ruhmann, falleció el 25 de junio de 2006 en su hogar en Viña del Mar, debido a un infarto cardíaco.[1]
