Paillard recibió instrucción en el Conservatorio de París, donde ganó el primer premio de historia musical y en la Mozarteum. Por otro lado, también se licenció en matemáticas en la Sorbona.
En 1953, fundó el Conjunto Instrumental Jean-Marie Leclair, que en 1959 se convirtió en la Orquesta de Cámara Jean-François Paillard. El conjunto ha realizado grabaciones de gran parte del repertorio barroco para Erato Records y ha realizado giras por toda Europa y Estados Unidos. También ha grabado con muchos de los principales instrumentistas franceses, incluyendo Maurice André, Jean-Pierre Rampal, Pierre Pierlot, Lily Laskine, Jacques Lancelot, Michel Arrignon.
La grabación de la orquesta de 1968 "Canon and Gigue for 3 violins and basso continuo" de Johann Pachelbel, familiarmente conocido como Canon en re mayor de Pachelbel, casi sin ayuda llevó la pieza de la oscuridad a un gran renombre. La grabación fue hecha al estilo romaticismo, a un ritmo significativamente más lento de lo que se había tocado antes, y contenía partes obligato, escritas por Paillard, que ahora están estrechamente asociadas con la pieza.[2] Fue lanzado en un álbum de Erato Records, y también fue incluido en un álbum ampliamente distribuido por el sello de venta por correo Musical Heritage Society en 1968. La grabación comenzó a recibir una atención significativa en los Estados Unidos, particularmente en San Francisco, a principios de la década de 1970. A finales de la década de 1970, varias versiones de ella encabezaban las listas de música clásica en los Estados Unidos, incluida la de Paillard.[3] La Orquesta de cámara Paillard grabó también la banda sonora Gente corriente de 1980.[2]
También fue director invitado frecuente para otras orquesta. Editó la serie Archives de la Musique Instrumentale y publicó La musique française classique en 1960.
Murió el 15 de abril de 2013, tres días después de cumplir sus 85 años.[4]
