Era el cuarto hijo de Juan Antonio Muñoz y Funes, i conde de Retamoso, y de su esposa, Eusebia Sánchez y Ortega. Tras el matrimonio de su hermano mayor, Fernando, con la reina viuda María Cristina de Borbón-Dos Sicilias, su familia empezó a acumular cargos, títulos y negocios, siendo conocidos en la época como el Clan de Tarancón.
Por lo que respecta a Jesús, este casó con la primogénita del Marqués de Remisa, María de los Dolores Remisa y Rafo, en 1847. Tras el fallecimiento del marqués a finales de ese año, la herencia se repartió entre las dos hijas de este, quedándose Dolores con el título y gran parte de la fortuna, lo que les permitió disfrutar y ampliar el patrimonio de Remisa. En concreto, Muñoz dedicó muchos de sus esfuerzos a ampliar el «El Plantío de Remisa» que fundó su suegro, llegando a tener un apeadero propio, origen de la actual Estación de Majadahonda. En esta tarea fue asistido por Segismundo Moret, marido de Concepción Remisa, hermana de su esposa y copropietaria de la finca.[1]
Al mismo tiempo, concurrió a las elecciones generales de España de 1846, resultando electo por los distritos de Tarancón (Cuenca) y Pastrana (Guadalajara), decantándose finalmente por este último y dejando el primero a su hermano José Antonio. Fue reelegido diputado, esta vez por Huete (Cuenca), en las elecciones de 1850 y 1851. Volvió a presentarse por Tarancón en 1853, aunque dejó el acta a finales de año. Finalmente, volvió a ser diputado por Tarancón entre junio de 1857 y mayo de 1858. En julio de 1858 fue nombrado Senador del Reino por la reina Isabel II,[2] ejerciendo como tal hasta la Revolución de 1868.
Asimismo, ejerció como diplomático, siendo embajador ante los estados de Fráncfort, Hesse, Hesse-Kassel y Nassau, partes de la Confederación Germánica, entre 1866 y 1867.[3] Tras la disolución de esta, en enero de 1867 fue nombrado embajador ante la Confederación Suiza,[4] cargo que desempeñó hasta agosto del mismo año.[5]
Falleció en el mencionado Plantío de Remisa, en la mañana del 18 de mayo de 1882,[6] a la edad de 61 años. Poco después, su viuda vendió la propiedad —que por aquel entonces abarcaba parte de los municipios de Pozuelo de Alarcón, Aravaca y Majadahonda—.[1]
