Auer comenzó su carrera en el 1. FC Leonhofen. En 2014, se incorporó al AKA St. Pölten, donde progresó en todas las categorías durante los cuatro años siguientes. Para la temporada 2018/2019, fichó por el Slavia Praga en la República Checa.
En septiembre de 2018, fue cedido al FK Viktoria Žižkov de segunda división por seis meses.[6] Ese mismo mes, debutó con el club en la FNL, siendo titular en el octavo partido de la temporada 2018/2019 contra el FK Pardubice, antes de ser sustituido por Jakub Urbanec en el minuto 63. Al final de la temporada, había disputado 14 partidos en la FNL, anotando un gol.
Tras finalizar su cesión, fichó por el FK Mladá Boleslav para la temporada 2019/2020. Debutó en la Fortuna Liga en julio de 2019, sustituyendo a Marek Matějovský en el minuto 77 del partido inaugural de esa temporada contra el MFK Karviná. Al final de la temporada, disputó seis partidos de la Fortuna Liga con el Mladá Boleslav. En la temporada 2020/2021, volvió a ser cedido al Viktoria Žižkov de segunda división. Durante esta cesión, disputó 20 partidos con el Žižkov en la segunda división.
Para la temporada 2021/2022, Auer regresó a Austria y se unió al club de la Bundesliga SK Rapid Wien, donde firmó un contrato hasta junio de 2024. En mayo de 2023, su contrato se extendió hasta el final de la temporada 2026/2027.[7]
Auer debutó con la selección nacional sub-17 de Austria en mayo de 2017. En septiembre de 2017, jugó su primer partido con la selección sub-18 contra Finlandia.
En septiembre de 2018, debutó con la selección sub-19 contra Suecia. En marzo de 2019, jugó por primera vez con la selección sub-20 contra Noruega. En marzo de 2021, debutó con la selección sub-21 contra Arabia Saudita.
Auer fue convocado a la selección absoluta por primera vez en marzo de 2023.[8]