El 3 de noviembre de 1998, alrededor de las 5:00 p. m., Maddie Clifton desapareció. El primer sospechoso fue un vecino que fue arrestado dos veces antes por casos de agresión sexual, pero que se retiraron los cargos en ambos incidentes. El vecino falló una prueba del polígrafo en relación con la desaparición de Maddie, pero proporcionó una coartada.[3] La policía decidió suspender la búsqueda de Maddie, pero la comunidad, incluidos más de 400 voluntarios, persistió. Se ofreció una recompensa, inicialmente valorada en 50.000 dólares pero luego se duplicó.[3] Uno de los voluntarios en la búsqueda era Phillips mismo.[3] El FBI participó de la búsqueda y varios eventos deportivos y programas de televisión hicieron hincapié en la búsqueda.[3]
La búsqueda terminó una semana después de la desaparición cuando la madre de Phillips, Melissa, fue a limpiar su habitación y encontró que su cama de agua parecía tener una ruptura. Tras un examen más detenido, descubrió el cuerpo de Maddie escondido dentro de la base de la cama de agua. Rápidamente salió corriendo de su casa y cruzó la calle para llamar a la policía. Phillips fue arrestado más tarde ese día en su escuela y estuvo detenido en máxima seguridad cuando hizo su primera aparición en el tribunal. Se determinó que la causa de la muerte de Clifton se debió a apuñalamientos y golpes con un bate de béisbol.[3]
Cuando se le preguntó por qué lastimaría a Maddie, Phillips explicó que habían estado jugando cuando accidentalmente la golpeó con una pelota de béisbol. La pelota le había golpeado en el ojo y había comenzado a sangrar lo que provocó que la niña comenzara a gritar y llorar debido al dolor. Phillips aparentemente estaba tan aterrorizado por la reacción de su padre cuando se enterara de que la llevó a su casa, a su habitación, y la golpeó con el bate para que dejara de llorar. Cuando eso no funcionó, recurrió a apuñalarla para asegurarse de que estaba muerta antes de meterla debajo de su cama ya que él sabía que llevarla a la casa de sus padres no sería una buena opción y que sus padres no dejaban que entrara nadie a su casa mientras ellos no estuvieran presentes.[3]
Phillips fue juzgado y encontrado culpable de asesinato en primer grado y sentenciado a cadena perpetua. No era elegible para la pena de muerte debido a que era menor de 16 años.[4]