Hijo de Antonio Pérez (m. 1557), natural de Allepuz, sastre de profesión, y de Catalina Rubert (m. 1577), natural de Cabra, estudió teología y derecho canónico, hebreo, griego y árabe en la universidad de Valencia, en la que también fue profesor de hebreo.[1][2]
Su reputación como estudioso le hizo ganar el patrocinio del arzobispo Martín Pérez de Ayala, pero muerto éste en 1566, Pérez marchó a Madrid, donde se encargó de la educación de los hijos de un Protonotario del Consejo de Aragón; allí trabó contacto con el obispo de Cuenca e inquisidor general Gaspar de Quiroga y Vela, que le empleó en la recopilación de concilios que el papa Gregorio XIII le había encomendado. Bajo el amparo de Quiroga fue beneficiado de las iglesias de Huete, Portalrubio y Alcañiz, y cuando el obispo ascendió en 1577 a cardenal y arzobispo de Toledo, Pérez sentó plaza como canónigo obrero y bibliotecario de la catedral toledana.
En 1591 Felipe II lo presentó al obispado de Segorbe, en el que se mantuvo hasta su muerte ocurrida en 1597.[1][2]
Además de sus aportes en la recopilación de concilios dejó escritas varias obras, la mayoría de las cuales siguen inéditas, entre las que destaca un diccionario árabe-hebreo-griego.[3]
También tuvo una participación importante en desmentir la autenticidad del pergamino de la torre Turpiana los plomos del Sacromonte encontrados entre 1588 y 1597 o la de los falsos cronicones de Jerónimo Román de la Higuera, que por aquellas fechas componía los atribuidos a Flavio Lucio Dextro y Marco Máximo.[4]
