Periodista titulado de la Universidad Finis Terrae. Hizo su práctica profesional en el diario Las Últimas Noticias, y trabajó en el suplemento "Economía y Negocios" de El Mercurio. Posteriormente ingresó al Departamento de Prensa de La Red en 1992, donde ejerció como productor periodístico, y en 1997 pasó a ser presentador de noticias,[1] siendo hombre ancla de los informativos Noticias a la hora (1997-1998) y Hechos (1998-1999).
En julio de 1999 Juan José Lavín emigró a Televisión Nacional de Chile (TVN), donde trabajó como productor períodistico de Medianoche y posteriormente como conductor del noticiero del canal, 24 Horas en su edición central durante los fines de semana (2004-2009) y del programa informativo nocturno Medianoche (2008-2014). En el canal estatal también presentó los programas de debate político El juego de Chile junto a Monserrat Álvarez (2004),[2]El juego del poder con Consuelo Saavedra (2005) y Estado nacional (2011-2015), y estuvo a cargo de la cobertura informativa de hechos políticos como elecciones y reuniones de la APEC.[1]El 28 de septiembre de 2015 Lavín fue desvinculado de TVN.[3]
En marzo de 2016 Juan José Lavín regresó al área de prensa de La Red,[4] donde condujo el programa Entrevista Verdadera (2017-2018).[5] También fue conductor del programa de debate político Sin miedo a la verdad (2017-2018) en el canal TV Maule de Talca. Entre marzo de 2025 y enero de 2026 Lavín fue conductor del programa Todo va a estar bien de Vía X en reemplazo de Eduardo de la Iglesia.
Además ha trabajado en radio, particularmente en Duna FM (marzo 2002-diciembre 2006) en el programa Duna en Punto junto a la periodista Cony Stipicic y El Conquistador FM (diciembre 2015-presente), donde conduce los programas Buenos Días Mercado junto a los economistas Willy Díaz y Pepe Arias y Sentido Común, junto a su colega Lorena Medel.