Se desconocen tanto el origen como la formación musical de Juan Pérez Materano. El musicólogo Robert Stevenson menciona que el médico cartagenero Juan Méndez Nieto había estudiado con Francisco de Guerrero antes de emigrar en 1559, aunque sin establecer una relación directa con Materano.[2]
Las primeras noticias documentadas sobre él datan de su llegada a Cartagena de Indias en 1537, donde hizo escala camino del virreinato de Nueva España. El rey Carlos I lo había designado para dirigir la música en una catedral novohispana. Sin embargo, el obispo de Cartagena, fray Tomás de Toro, impresionado por su talento, propuso en una carta al monarca, fechada el 7 de octubre de 1537, su nombramiento para el cabildo de la catedral.[1][3]
En aquel momento, la catedral era aún de madera, aunque contaba con un coro bien organizado y un elegante facistol. Pérez Materano debió de ser nombrado chantre, encargado de la música litúrgica, y aparece documentado como tesorero hasta 1545.[2] Entre sus funciones se encontraban la enseñanza del canto y del órgano, la selección del repertorio y la dirección del coro, responsabilidades propias del maestro de capilla.[1]
En 1545 fue nombrado deán, cargo con el que aparece mencionado en el librode su discípulo Elegías de varones ilustres de Indias (1577-1582) de Juan de Castellanos.[2]
Pero diversas son mis opiniones,
Y no creo será jüicio vano
Si digo hacer estas donaciones
El deán don Juan Perez Materano,
Por tener él aquellas posesiones
Mucho tiempo debajo de su mano;
Y en ser lugar en la ciudad escluso
Materano Getsemani le puso.
Elegías de varones ilustres de Indias, volumen 1
[4]
Hacia febrero de 1552, cuando la catedral fue destruida por un incendio, Juan de Castellanos probablemente ya era alumno de Pérez Materano. Entre las obligaciones del maestro figuraba la enseñanza directa del canto y la música, que debía impartir personalmente.[5] En 1555 fue nombrado para una canonjía en la Catedral de Coro, entonces sede primada de Venezuela, pero rechazó el cargo para permanecer en Cartagena. En 1559 obtuvo finalmente una canonjía en esta ciudad.[1]
Permanecería en el cargo hasta su fallecimiento en Cartagena de Indias el 27 de noviembre de 1561.[1]