De 2002 a 2006, Chamorro ocupó diferentes roles en la administración del presidente Enrique Bolaños: director general de la Cuenta Reto del Milenio de Nicaragua; viceministro de Hacienda y Crédito Público; secretario técnico de la Presidencia de la República y coordinador del Sistema Nacional de Inversión Pública. Chamorro es director ejecutivo del think tank económico FUNIDES y representó al sector empresarial en el Diálogo Nacional 2018, como líder de la Alianza Cívica por la Justicia y la Democracia (ACJD) en oposición al gobierno del presidente Daniel Ortega. La ACJD surgió a raíz de las protestas y la sangrienta represión gubernamental que siguió a partir de abril de 2018. En enero de 2021, Chamorro dejó el cargo de director de la ACJD para centrarse en la política electoral (los estatutos del grupo, que no es un partido político, estipular que el director debe renunciar si se involucra en una campaña para el cargo).[4]
Pidió una reforma electoral antes de las elecciones de 2021. Abogó por aumentar el porcentaje requerido para ganar sin pasar por una segunda vuelta, y dijo que el titular Ortega, quien se postulará para un quinto mandato, se ha beneficiado de solo necesitar el 35% de los votos en una carrera multipartidista para asegurar una victoria.[5]
El 10 de febrero de 2023, junto con otros 221 presos políticos, Juan Sebastián Chamorro fue liberado de prisión y expulsado a Estados Unidos tras serle revocada la nacionalidad por el gobierno nicaragüense.[6]
