Proveniente de una familia noble originaria de Uncastillo, Juan Zapata mantuvo toda su vida propiedades en dicha localidad que transmitiría dentro del linaje.
Juan Zapata fue juez y embajador real. En 1283 formaba parte del consejo real y fue elegido como embajador ante Eduardo I de Inglaterra. Asimismo, consta su estancia en Burdeos en 1287, durante las negociaciones con Francia y el Papado a raíz de las reivindicaciones aragonesas en Baleares y Sicilia. Desde 1286 la documentación regia lo menciona igualmente actuando como juez real.[1] Mientras el rey esta ocupado con su conquista de la isla de Menorca en 1286, delegó igualmente en Juan Zapata el control de insurrecciones nobiliarias en Aragón.
El rey Alfonso III premió estos servicios en 1287 con la propiedad de las localidades de Juslibol y Cadrete, aunque un asalto de partidarios de la Unión de Aragón arrasó el primero. Obtuvo entonces en compensación la población de San Mateo de Gállego. En 1288, ante la inminencia de una guerra con Castilla, pagó 6000 maravedíes por la jurisdicción señorial sobre Cadrete y por la población y jurisdicción de Novallas.[9]
Su apoyo a la corona fue recompensado nuevamente en 1289-1290 con el cargo de justicia, desde el que se volvió a significar durante los conflictos entre el rey y los nobles. Como justicia presidió las Cortes de 1290, las primeras Cortes Generales de la Corona de Aragón. Dichas cortes fueron un éxito para el monarca, que vio aprobado nuevos impuestos para sus campañas a cambio de compromisos con la nobleza.
El siguiente rey, Jaime II, confirmó al ascender al trono en 1291 la posición y prebendas de Juan Zapata.[9] Durante el nuevo reinado, Juan Zapata trató de mediar en los conflictos entre el rey y Artal de Alagón, señor de Sástago y Pina que, casado con la hermana del rey, se oponía a la Paz de Anagni. Dicha paz, entre otros puntos, desdecía los compromisos que la Corona había adquirido en las Cortes de 1290 sobre no segregar de nuevo el reino de Mallorca.
El 4 de marzo de 1294 renunció al cargo de Justicia, siendo sucedido por Ximén Pérez de Salanova. Murió en enero de 1295. El testamento de Miguel Pérez Zapata lo identifica como su hijo y heredero.
