Toda su obra conocida proviene de su etapa en Valencia. Se cree que fue uno de los primeros, si no el primer, maestro de capilla de San Miguel de los Reyes, ya que la consagración de la iglesia del monasterio fue en 1645, una vez terminadas las obras, y la construcción del órgano se realizó en 1652.También parece que fue fundamental en la creación o ampliación de la capilla musical. Durante las tres últimas décadas del siglo XVII y las dos primeras del XVIII, Juan de San Agustín dominó la música en el monasterio y fue muy activo en la escena musical de Valencia.[1]
Musicalmente se encuentra entre el tiento polifónico y las nuevas formas del siglo XVIII, siendo un músico de transición. Para Josep Dolcet y Josep María Vilar, San Agustín sería un «compositor fantasioso y exuberante, que no se preocupaba tanto por la armonía y el contrapunto, como por la brillantez y la espectacularidad».[1]
El catálogo de obras conservadas de San Agustín sería el siguiente:
- Falsas de 4º tono de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fol. 42v)
- Tiento de 1º tono de partido de mano derecha de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fols. 66r-67v)
- [Tiento] Partido de mano derecha con contras 8º tono por d.lasolre de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bc M 1.011, fols. 73r-74v)
- Tiento de dos tiples y dos bajos (Parroquia de Villafamés, Castellón)
- Pange lingua de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fols. 79v-80r)
- Sacris solemnis partido de mano derecha de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fols. 80r-80v)
- Otro Sacris solemnis de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fols. 80v-81r)
- Otro Sacris solemnijs de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fol. 81r)
- [Tres] Versos para la fiesta de los S[an]tos Apóstoles sobre el canto llano de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (E:Bbc M 1.011, fol. 36r); Otra diferencia sobre el mismo canto llano para d[ic]has fiestas de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín (fol. 36r); Otro de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín con el canto llano (fol. 36v)
- [Seis] Versos de primero tono de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín para hymnos y salmos (E:Bbc M 1.011, fols. 98r-98v)
- [Ocho] Versos de 2º tono por gsolreut para cánticos y salmos y para 3º tono para lo dicho de fr[ay] Juan de S[a]n Ag[ustí]n (E:Bbc M 1.011, fols. 104r-105v)
- [Cinco] Verso de dos tiples con contras de fr[ay] Juan de S[a]n Agustín de 4º tono (E:Bbc M 1.011, fols. 120r-120v)