Al estallar la Guerra Civil, Juan Álvarez de Sisternes se encontraba escondido en la casa de su hermana en Barcelona, donde fue detenido el 3 de agosto de 1936 por los comandos de milicianos de la CNT y de Esquerra Republicana, especializados en la represión de todo lo relacionado con el catolicismo en Cataluña.
Juan Álvarez de Sisternes permaneció torturado en un calabozo de Villafranca del Panadés, hasta que el día 20 de agosto fue ejecutado de un tiro en la cabeza en la zona del puente del Lledoner, en la comarca del Bajo Llobregat. Su cuerpo sin vida fue enterrado en una fosa en Vallirana para de allí trasladarlo, una vez finalizada la guerra, al panteón que se construyó en honor de las víctimas de la represión republicana en el cementerio municipal de Villafranca del Panadés.
Durante el franquismo, una de las plazas principales de Villafranca llevó el nombre de Juan Álvarez de Sisternes (en esta plaza se encontraba la casa señorial de su familia que fue saqueada durante la contienda), hasta que en 1980 se le cambió el nombre por Plaza de la Constitución.
El 21 de enero de 1947 fue colocado un retrato suyo en el salón de plenos del Ayuntamiento de Villafranca, con motivo del octavo aniversario de la entrada de las tropas nacionales en la ciudad. El cuadro fue obra del pintor José Rovira y Soler y pasó a formar parte de la Galería de Hijos Ilustres de la villa. En el año 2026, el retrato del alcalde Álvarez de Sisternes fue retirado del salón de plenos y pasó a formar parte de las colecciones del Museo de las Culturas del Vino de Cataluña.[6]
En 1983, sus familiares decidieron trasladar sus restos al Valle de los Caídos,[7] convirtiéndose en el último enterrado[3] en la basílica.
Antonio Sabaté y Mill, cronista de Villafranca, escribió lo siguiente sobre Juan Álvarez de Sisternes:
Por aquellos años, nuestro alcalde era un hombre ya entrado en edad, de mediana estatura, de complexión robusta y de natural campechanía, si bien algo distante y sin concesiones a la popularidad. El señor Álvarez era el señor Álvarez, y santaspascuas.
Villafranca del Panadés, España
Villafranca del Panadés, España
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