Fue hija de Alonso de Aragón, arzobispo de Zaragoza desde 1478;[1] y de Ana de Gurrea (1470-1527). Su padre era hijo ilegítimo a su vez del rey Fernando el Católico. Juana tuvo por hermanos a:[2]
- Juan (1498-1530) que sería arzobispo de Zaragoza el 28 de marzo de 1520.
- Hernando (1498-1575), como su hermano también sería nombrado arzobispo de Zaragoza en 1539 y después, virrey de Aragón (1566-1575).
- Antonio, (1552), señor de Quinto.
Además tendría otros dos medio hermanos por parte de padre:
En 1509 se concertó su matrimonio con Juan de Borja y Enríquez de Luna, iii duque de Gandía, hijo de Juan de Borja y Cattanei, ii duque de Gandía (muerto en 1494) y su esposa María Enríquez de Luna. Juan de Borja tuvo como abuelo paterno al papa Alejandro VI.[3] El enlace se produjo en Valladolid y supuso la unión de la casa de Aragón (aunque por vía ilegítima) con la importante familia de los Borja.
Fruto de este matrimonio, Juana y Juan tendrían siete hijos:
- Francisco, sucesor de su padre y futuro III general de la Compañía de Jesús y santo.
- Alfonso.
- Luisa, casada con su primo Martín de Gurrea y Aragón, futuro iv duque de Villahermosa.
- María (1513-1569), después religiosa clarisa como sor María de la Cruz.[4]
- Ana (1514-1568), también religiosa clarisa como sor Juana Evangelista.[4]
- Isabel (1515-1568), religiosa igual que sus hermanas bajo el nombre de sor Juana Bautista.[4]
- Enrique (-1539), primero comendador mayor de la orden de Montesa y después (1538) cardenal.
Juana murió en agosto de 1522. El año siguiente su marido contrajo matrimonio con Francisca de Castro-Pinós, hija de Guillén Ramón Garcerán de Castro-Pinós, vizconde de Évol. De este segundo matrimonio, Juan tendría otros doce hijos.[5]