El barrio de la Atarazana nació en el sector en donde se ubicaba la hacienda del nombre La Tarazana. Esta hacienda y la de Mapasingue eran las más grandes de la ciudad. Su nombre surge de los galpones que recibían el nombre de "atarazanas", en que se guardaban municiones y armas y donde se le daban los toques finales a los barcos en construcción.[2][3] El sector fue usado en tiempos de la colonia como astillero de la ciudad, pero a medida que la ciudad siguió su crecimiento hacia el sur, los constructores de barcos se mudaron al ahora llamado Barrio del Astillero.[4] En 1896 la Junta de Beneficencia de Guayaquil compró el terreno de la hacienda por 60.000 sucres.[5]
En la década 1960, el Banco Ecuatoriano de la Vivienda compró 350.000 metros cuadrados de terreno a la Junta de Beneficencia para construir lo que se sería su primera urbanización en el país.[2] Las casas empezaron a entregarse en 1966. En 1969 se realizó una consulta para decidir el nombre de la urbanización, entre Amazonas y La Atarazana, finalmente se decidió por el segundo, que es el nombre que ha llevado desde entonces.[5]
Durante la década de 1980, el entonces alcalde de Guayaquil, Jorge Perrone Galarza, hizo adoquinar los callejones del barrio, pues estos eran de tierra.[2]
El 22 de octubre de 1989 un avión de la Fuerza Aérea Ecuatoriana se estrelló en el lugar, accidente por el cual fallecieron diez personas.[1]
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