La relación del kanuri y el tubu (tebu) ya fue reconocida por H. Barth en una carta a Karl Richard Lepsius de 1853.[1] Más tarde, Gustav Nachtigal (1881, 200) identificó el parentesco con otras lenguas geográficamente cercanas y propuso la denominación "sahariana" para la familia de lenguas. Este mismo autor concluyó que la familia sahariana podía dividirse en una rama occidental (a la que pertenecían el kanuri y el tebu) y una rama oriental (formada por el zaghawa y el berti). Lukas (1939) delimitó definitivamente la familia mediante el término "sahariano oriental"[2] que J. Greenberg rebautizó como "sahariano central", dividiendo la familia en tres ramas. Sin embargo los autores posteriores volvieron a la división clásica en dos ramas, esta división bipartita está bien fundamentada sobre la base del porcentaje de cognados.
La clasificación interna basada en el porcentaje de cognados en la lista de Swadesh entre las diversas lenguas se llega a la siguiente clasificación:[3]
Las lenguas saharianas son consideradas parte de las lenguas nilo-saharianas, aunque dicha agrupación es algo controvertida. Dentro de las lenguas nilo-saharianas, L. Bender considera que las lenguas saharianas constituyen una rama independiente sin un parentesco cercano con las otras ramas. Ehret conjetura que podría postularse una rama sahariana-saheliana, que englobara tanto a las lenguas saharianas como al grupo maba y el grupo songhay, aunque dicha hipótesis no tiene el consenso de los especialistas.