Fundada en 2010 por Leoš Novotný, comenzó a operar en la línea Praga-Ostrava-Bohumín en 2012, ampliando sus servicios a 30 ciudades de Chequia, Eslovaquia y Polonia posteriormente. Ese año contaba con cinco unidades de Stadler FLIRT.[3]
En septiembre de 2016, la compañía firmó un acuerdo con CRRC Zhuzhou Locomotive para la adquisición de tres locomotoras Sirius Class 665, diseñadas para alcanzar una velocidad máxima de 160 km/h.[4] El contrato incluía una cláusula que permitía a Leo Express comprar todas las locomotoras adicionales que requiriera, así como hasta 30 unidades múltiples eléctricas (EMU) durante los siguientes tres años. Las pruebas de las nuevas locomotoras comenzaron en el circuito de pruebas de Velim en septiembre de 2019.[5] Sin embargo, el proceso se vio afectado por el inicio de la pandemia de COVID-19, que retrasó los planes operativos de la compañía.
En marzo de 2021, el grupo público español Renfe adquirió el 50% de las acciones de Leo Express,[6][7] lo que marcó un hito en la expansión internacional de la operadora española. La entrada de Renfe en la sociedad se produjo a través de una ampliación de capital del 50% que fue asumida por Renfe.[8] Este movimiento estratégico buscaba fortalecer la presencia del operador público español en el mercado europeo de transporte ferroviario.
Tras la adquisición por parte de Renfe, en abril de 2022, Leo Express confirmó la cancelación definitiva del acuerdo con RRC Zhuzhou Locomotive.[9] Las razones declaradas detrás de esta decisión incluyeron desafíos técnicos, económicos y cambios en la estrategia operativa de la empresa.
En diciembre la compañía de 2022 cerró una operación de arrendamiento con Renfe Alquiler de Material Ferroviario de veintiún trenes diésel del modelo Coradia Lint 41 para operar el ‘Tren del Danubio’, entre Bratislava y Komárno, cuya concesión de servicio le fue adjudicada para el periodo entre diciembre de 2023 y diciembre de 2032.[10]
El 1 de marzo de 2026 realizó su primer servicio doméstico en Polonia, con la ruta entre Varsovia y Cracovia. Se trata de una ampliación de la ruta Praga-Cracovia hasta la capital polaca. También anunció su intención de lanzar nuevas conexiones internacionales, como la ruta Przemyśl–Aeropuerto de Fráncfort del Meno, y enlaces hacia Bratislava y Leópolis.[11]
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