Nació en una familia humilde, pero puedo asistir al instituto en Varsovia y en 1839, con una beca del Reino de Polonia, ingresó en la Universidad Estatal de San Petersburgo y se graduó en 1844. Cienkowski formó parte del círculo de académicos germano-bálticos formado en San Petersburgo en torno a Karl Ernst von Baer, lo que sentó las bases para su dedicación a las ciencias naturales.[1]
En 1847, el gobernante egipcio Mehmet Ali impulsó la búsqueda de oro en los territorios del Alto Nilo. La Sociedad Geográfica Rusa envió a Egipto una expedición encabezada por Yegor Petrovich Kovalevsky y en la que participó Cienkowski. La expedición siguió el curso del Nilo, hizo una breve parada en Jartum y se instaló cerca de la actual ad-Damazin. Desde allí, Cienkowski realizó investigaciones botánicas y etnográficas en la región del Nilo Azul.
De 1850 a 1854, Cienkowski impartió clases de historia natural en el Liceo Demidov de Yaroslavl. En 1854, fue nombrado profesor asociado de botánica de la Universidad Estatal de San Petersburgo.
De 1861 a 1865, estuvo realizando un viaje de estudios botánicos por Europa. En 1865, cuando se inauguró la Nueva Universidad Rusa (Universidad de Odesa), Cienkowski consiguió allí un puesto de profesor de botánica en el que permaneció hasta 1871. En 1872, se trasladó a la Universidad de Járkov, donde estuvo hasta 1887.
En 1880, Cienkowski realizó un viaje al Mar Blanco, con la finalidad de recolectar microorganismos en las islas Solovetski, para su posterior estudio en el laboratorio.
Fue miembro de la Sociedad de Naturalistas y Médicos Alemanes y desde 1881 miembro correspondiente de la Academia de Ciencias de San Petersburgo. Participó activamente en la fundación de la Nueva Sociedad Rusa de Historia Natural, de la que fue su primer presidente, y en el establecimiento de la Estación Biológica Marina de Sebastopol.
Cienkowski estudió organismos inferiores (infusorios, algas inferiores, hongos y bacterias) y estableció una conexión genética entre las algas unicelulares (las llamadas mónadas) y los mixomicetos, heliozoos,radiolarios y flagelados. Defendió la opinión de que los infusorios eran protozoos consistentes en una masa de protoplasma, contradiciendo la opinión entonces predominante, según la cual los infusorios eran organismos muy complejos.
En su tesis doctoral Sobre las algas inferiores y los infusorios (en el original, О низших водорослях и инфузориях) investigó la morfología y la historia del desarrollo de varios organismos microscópicos y planteó la hipótesis de que no existe una frontera clara entre los reinos vegetal y animal. Las transiciones entre los reinos vegetal y animal fueron un tema dominante en la obra de Cienkowski, pues era un firme defensor del pleomorfismo (posteriormente refutado). Creía, entre otras cosas, que ciertas bacterias eran etapas del ciclo de vida de las algas. [1]
Sus investigaciones posteriores se centraron en el entonces novedoso campo de la bacteriología. En 1881, fue enviado por la Sociedad Económica Libre de Rusia a París, para que Louis Pasteur le enseñara a elaborar la vacuna contra el ántrax. Sin embargo, Pasteur no reveló el secreto de su vacuna, pues había transferido los derechos de fabricación a una empresa comercial. Finalmente, Cienkowski consiguió desarrollar su propia vacuna contra el ántrax en Járkov. El éxito de esta vacuna contribuyó significativamente al desarrollo de la microbiología en Rusia. [1]
