Originalmente, la línea 161 tenía su punto de partida en la terminal de la Aduana, situada en la Ciudad Vieja (en una zona de este barrio también conocida como Guruyú), desde donde se dirigía hasta la intersección de las avenidas General Flores y Luis Alberto de Herrera (antiguamente denominada Larrañaga) para retornar a su origen sin interrumpir el viaje —lo que se conoce también por el anglicismo loop—, tomando un camino distinto al de la ida. Su circuito era y sigue siendo complementado con el de la línea 164, que realiza buena parte de su recorrido en sentido inverso a la 161: el que una hace en la ida, la otra lo hace en la vuelta. Esto se daba en otras líneas de la compañía Cutcsa, como la 117 y la 122, la 171 y la 172, y la 181 y la 183, conservándose solamente el de las últimas dos.
En los años sesenta su recorrido era el siguiente: Terminal de la Aduana; Rambla Roosevelt; Zabala; Rincón; Mercedes; Avenoda Fernández Crespo; Miguelete; Justicia; Arenal Grande; Domingo Aramburú; Avenida Gral. Flores; Avenida Luis Alberto de Herrera; Monte Caseros; Bulevar Artigas; Miguelete; Justicia; La Paz; Avenida Fernández Crespo; Avenida Uruguay; Eduardo Acevedo; Juan A. Lavalleja (actual José E. Rodó); Magallanes; Soriano; Reconquista; Juan Lindolfo Cuestas; Terminal de la Aduana.[3] Desde entonces, el mismo se ha mantenido con pocas modificaciones, que responden a cambios de circulación en algunas calles (son los casos de Fernández Crespo y Rodó) o a restricciones en la circulación de ómnibus en ciertas vías (como la Rambla Roosevelt, Rincón y Zabala).
Con la reducción de servicios de transporte colectivo que la Intendencia de Montevideo aplicó para la Ciudad Vieja desde julio de 2005, la línea 161 dejó de circular dentro del casco histórico de la ciudad, modificando su recorrido, que pasó a ser por las calles Soriano, Río Branco, Colonia, Florida, Circunvalación Plaza Independencia (parando en la creada terminal de trasbordos de la plaza), Liniers, Camacuá hasta la terminal de Plaza España, su nuevo destino. A su vez, en el sentido inverso el trayecto pasaba a ser: Terminal de Plaza España, Camacuá, Ituzaingó, Buenos Aires (parando en la creada terminal de trasbordos de dicha calle), Liniers, Maldonado.[4] Sin embargo, esta modificación duró tan solo un mes, ya que en el marco de las correcciones que realizó el gobierno de Montevideo respectó al nuevo sistema desde su implementación, la línea volvió a ser incorporada al circuito de la Ciudad Vieja, entendiéndose que su recorrido primario servía a los niños de ese barrio que concurrían a las escuelas N° 15 República de Cuba (matutina) y N° 131 República de Chile (vespertina), que compartían el mismo local en el barrio Sur (en 2012 fueron fusionadas bajo la N° 131).[5] El ingreso a la zona pasó a ser por las calles Río Branco, Avenida Uruguay, 25 de Mayo, Juncal, Cerrito y Juan Lindolfo Cuestas, saliendo por Buenos Aires, Liniers, Ciudadela y Maldonado. Como el paso por la Ciudad Vieja quedó sin interrupciones (loop), el destino de espera de la línea debió trasladarse a la otra punta de su recorrido, quedando en la planta José Añón de la empresa Cutcsa, situada entonces en la Avenida Luis Alberto de Herrera y Gualeguay.[6] En septiembre de 2006 se realizó un pequeño cambio al trayecto para que la línea también en la ida cubriera a los estudiantes de las escuelas N° 15 y N° 131, quedando: Soriano, Ciudadela, Circunvalación Plaza Independencia, Juncal, Cerrito.[7]
Al trasladarse la planta José Añón de Cutcsa a fines del año 2010 al predio comprendido por la Avenida José Pedro Varela, el Bulevar José Batlle y Ordóñez y la calle Valladolid, en el barrio Bolívar, se produjo la última modificación en el recorrido de la línea, adecuándose a su nueva terminal: Avenida Gral. Flores, Bulevar José Batlle y Ordóñez, Avenida Jacobo Varela e Isabela hasta el ingreso de la planta Añón en su intersección con Valladolid.[8]
Considerándose como una línea que durante mucho tiempo supo contar con altas frecuencias, en sus últimos años de servicio las mismas fueron disminuyendo significativamente, a tal punto que en enero de 2017 en los días hábiles tenía solamente cuatro viajes por jornada, con tres horas y media de intervalo entre uno y otro.[9] Esto incidió en que la cantidad de pasajeros transportados se haya reducido drásticamente, siendo común que en un tramo (ida o vuelta) del recorrido asciendan menos de diez personas.
En marzo de 2019, con el comienzo de los horarios de invierno, esta línea, al igual que la 164 quedaron definitivamente suprimidas.
