Mota falleció el 8 de enero de 2013 a los 46 años, en Sitges por causas derivadas del fuerte estrés que padecía por parte del "monstruo", según sus últimas palabras.[6] El cadáver del diseñador fue encontrado por los trabajadores de un ambulatorio de Sitges tendido en el lavabo del centro de salud con un puñal clavado en el pecho y una mochila con tres cartas manuscritas de despedida: una dirigida a su compañero sentimental; otra, a su familia, y la tercera, para los Mozos de Escuadra (en catalán: Mossos d'Esquadra).[3][7][8][9][4]
A raíz de la muerte de Manuel, la compañía para la que este trabajaba expresó su «profundo pesar» por la pérdida del diseñador, que fue director creativo durante dos décadas. El presidente de Pronovias Fashion Group, Alberto Palatchi, afirmó en un comunicado de prensa que su equipo perdió a «uno de sus miembros más queridos». Por otro lado, suscribió que «Nos queda el recuerdo de tantas colecciones, tantos desfiles, tanto esfuerzo, tanto talento e ilusión compartido con todos. Manuel era un gran señor, un gran compañero, un gran artista y, por encima de todo, una gran persona».[4] A pesar de sus palabras, este sigue sin aclarar a quién podría hacer referencia Mota al definir como «Monstruo» a la persona que le provocaba semejante estrés, teniendo en cuenta que será el primer interesado en los pormenores en los que se ha visto envuelto el trágico suceso.