El musicólogo Francisco Barbieri afirma que Manuel de León era de Segovia, en una familia hidalga originaria de las montañas de León. Su abuelo, Pedro de León se trasladó a Segovia, donde ejerció de pelaire. Su padre, Juan de León, era frutero, con tienda en Segovia. Juan de León se casó con Catalina Fernández, natural del lugar de La Cuesta, a cuatro leguas de Segovia. El hijo de ambos y hermano de Manuel, Juan de León, sería maestro de capilla de las catedrales de Orense, Oviedo y finalmente Segovia. Posteriormente, en el expediente de limpieza de sangre que realizó Manuel de León su ingreso en Monasterio de El Escorial se le describió en su juventud como «linpio y sano de su cuerpo y sin enfermedad notoria porque era muy lijero y se mandaba muy bien».[3][4]
Se desconoce cual fue la formación musical de Manuel de León. Tuvo que ser en alguna iglesia o catedral, pero no parece que fue en la de Segovia, ya que uno de los testigos afirma no haberle conocido «porque como hera estudiante y andaba
fuera desta çiudad nunca le conoçio de bista». Tampoco parece haber acompañado al hermano mayor en sus magisterios, lo que pudiese haber parecido una solución lógica para la formación del joven Manuel.[3]
Las primeras noticias que se tienen de él son de su ingreso en el Real Monasterio de El Escorial el 4 de diciembre de 1623, «de edad algo avanzada y con una formación musical completa», además de ser ya un músico de cierta importancia: «era hermano del Maestro de Capilla de la yglesia mayor de aquella ciudad [Segovia], y no menos maestro que él». El musicólogo Gustavo Sánchez adelanta que es muy posible que en ese momento fuese maestro de capilla de alguna iglesia y que por razón desconocida decidiese retirarse. De forma excepcional, durante la investigación de la limpieza de sangre se realizaron entrevistas a la familia y los conocidos, que se ha conservado y ha permitido obtener más información de la vida del maestro. El 19 de diciembre de 1624 profesaba y poco tiempo después fue nombrado maestro de capilla.[3][4]
No se conocen más noticias sobre su vida que debió transcurrir en San Lorenzo de El Escorial, donde solo permanecería 9 años hasta su fallecimiento, el 4 de diciembre de 1632.[2]
